在蛋白質組學、代謝組學等組學研究中,血液是一種常見的樣本型別。 然而,這種常見樣本型別背後有一類更豐富的樣本資源---FFPE(福馬林固定和石蠟包埋)樣本。
病理學相關的生物標誌物研究通常需要從有限量的固定石蠟包埋 (FFPE) 組織中提取核酸。 其中,研究轉錄組的乙個主要挑戰是提取的RNA數量和質量低,這限制了我們的分析能力,並對整體研究設計產生了重大影響。
1. FFPE RNA提取的難點
FFPE樣品的RNA提取困難主要是由於此類樣品離開人體後無法及時固定,面臨核酸酶降解的影響,並且在固定化時,在高溫環境中進行蠟浸泡,進一步促進了RNA降解的發生, 再加上長期在室溫下儲存,與外界接觸,使得RNA降解普遍存在。由於這些原因,似乎不可能從FFPE樣品中提取RNA。
2024年,RUPP等人首次從蠟塊中分離出RNA後,發現用於製作FFPE樣品的固定液可以使細胞中的RNA與其他大分子物質(如蛋白質)產生廣泛的交聯形成網路,從而避免核酸酶的降解而儲存,另一方面, 核酸酶在固定劑的作用下也會在一定程度上甚至不可避免地變性失活,而這種本質是從FFPE樣品中成功提取RNA的基礎。
一般來說,核酸提取純化有三個質檢指標:核酸濃度、核酸純度和核酸完整性,而FFPE樣品因***處理而損壞核酸,影響下游應用資料的真實性,增加核酸提取難度。
固定對 DNA、RNA 和蛋白質的影響。
因此,提取ffpe在示例中rna存在以下困難:
1、核酸不同程度降解
2.分子間交聯;
3、提取的核酸收率低,完整性不高,質量差,難以與下游qpcr、測序等應用相容。
FFPE標本的核酸提取過程是乙個複雜的多步驟操作,需要嚴格控制每個環節的條件和方法。 雖然FFPE標本的核酸提取具有挑戰性,但隨著科學技術的進步,出現了許多高效可靠的核酸提取方法和試劑盒,為FFPE標本在生物醫學研究中的廣泛應用提供了有力支撐。
任何懂醫學的人FFPE 組織 RNA 提取試劑盒(磁珠法)。
該產品從固定石蠟包埋 (FFPE) 組織標本中分離出高質量的 RNA,旨在為客戶提供一種簡單、可靠和快速的方法。
產品優勢:
該過程快速且安全:它不依賴有毒有機溶劑(如二甲苯)進行脫蠟,使用安全,操作方便。
高品質RNA產物:通過經過特殊表面處理的奈米級超順磁珠選擇性吸附核酸,最大限度地減少純化 RNA 樣品的基因組 DNA 汙染,並提供 DNase 酶切選項。
靈活的使用場景:它不僅可以支援手動提取,還可以與液體工作站或全自動核酸提取儀高效配合使用,進行快速、大體積提取,提高整體效率。
個案研究
根據FFPE RNA是否包含特別小的片段RNA,我們有兩種產品,產品1包括小片段RNA,產品2不包括小片段RNA。 如上圖所示,客戶可以根據自己的需求進行選擇。