聚丙烯醯胺陰離子和陽離子在許多方面有顯著差異，如下所示：
陽離子聚丙烯醯胺和陰離子聚丙烯醯胺在生產原料和生產工藝上有很大的不同，陰離子產品的主要原料有丙烯醯胺、丙烯酸、氫氧化鈉、純水、分散劑、引發劑等。 生產陽離子聚丙烯醯胺的主要原料有丙烯醯胺、DAC DMC、純水、分散劑、引發劑等。 除此之外，還有以下區別：
外觀：雖然兩者都有白色顆粒狀和乳液形式，但乳液的顏色不同。 陰離子聚丙烯醯胺乳液通常呈白色，而陽離子聚丙烯醯胺乳液略帶藍色。 聚丙烯醯胺為固體形式，陰離子型和陽離子型在外觀上都是白色或淡黃色的小顆粒，一般難以用肉眼區分。
分子量：陰離子聚丙烯醯胺的分子量通常在400萬到3500萬之間，而陽離子聚丙烯醯胺的分子量一般在700萬到1200萬之間，也有分子量在1500萬左右的產品。 通常，陰離子形式具有較高的分子量。
指標：陰離子型聚丙烯醯胺的主要指標是分子量和水解度（最新國家標準GB T 17514-2017《水處理劑陰離子型和非離子型聚丙烯醯胺》國家標準國標將水解度定義為陰離子度），而陽離子型聚丙烯醯胺的主要指標是陽離子度和分子量。 這些指標對不同型別聚丙烯醯胺的效能和應用有重要影響。
用途：兩者在應用領域也有所不同。 陰離子聚丙烯醯胺主要用作絮凝劑，適用於處理懸浮顆粒粗大、濃度高的無機廢水，如煤礦廢水、洗砂廢水等，也可用於石油工業、紡織上漿劑、造紙工業和作為粘結劑。 陽離子聚丙烯醯胺主要用於處理有機廢水，如食品廠、糖廠、市政汙水等，其絮凝效果通常是陰離子聚丙烯醯胺或非離子聚丙烯醯胺的幾倍或幾十倍。 此外，陽離子聚丙烯醯胺在汙泥脫水中也應用較多，具有絮凝體形成速度快、絮凝體粗大、抗擠壓、抗剪下性好等特點。
*：一般來說，陽離子聚丙烯醯胺會比陰離子聚丙烯醯胺貴。 這主要是由於陽離子型的生產工藝相對複雜且成本高昂。 同時，無論是陰離子還是陽離子，分子量或離子含量越高，**就會越高。
結構性質：陽離子聚丙烯醯胺是一種具有多種活性基團的線性高分子化合物，能與許多物質親和吸附形成氫鍵，主要是帶負電荷的膠體的絮凝作用。 陰離子聚丙烯醯胺是一種水溶性聚合物，其分子鏈中含有一定數量的極性基團，可以通過吸附懸浮在水中的固體顆粒來橋接顆粒，或通過電荷中和使顆粒凝結形成大絮凝體，從而加速懸浮液中顆粒的沉降。
一般來說，聚丙烯醯胺陰離子和陽離子在外觀、分子量、指標、用途、**和結構效能等方面存在明顯差異。 這些差異使它們在不同的應用領域中具有自己的優勢和適用性。