因此，一般空調系統的節能措施，如圍護結構、保溫系統、變流排風熱、冰箱水幫浦風機裝置的選用等，都可以應用於潔淨車間空調系統的節能設計。 同時，潔淨車間的空調系統各有特點，也有自己的系統節能特點和方法。
1、潔淨風量與空調風量分離。
潔淨室送風的作用是將空調空氣進行溫度和濕度處理，以滿足潔淨室的溫度和濕度要求二是淨化空氣過濾，滿足潔淨室的潔淨度要求。 一般來說，淨化風量過大，不能超過空調的風量。 如果空調的送風同時起著空調和淨化的作用，即空調的風量和淨化的風量沒有分離，那麼所有的回風都必須由空調箱進行處理，當大風量通過空氣處理裝置時， 阻力會很大，風扇的能耗會急劇增加。
2、減少空調系統的風量。
PCB無塵車間對潔淨度的高要求，造就了其空調系統的大風量。 從空氣動力學的知識可以看出，風機等動力裝置的能耗與其風量成正比，因此減小系統的風量對於潔淨車間空調系統的節能具有重要意義。
3.減少新鮮空氣量。
由於新風負荷在PCB無塵車間的空調系統中占有很大的比重，因此通過減少新風量來降低潔淨空調系統的能耗具有重要意義。
4.系統風量控制。
風機系統在非生產時間也照常執行，不僅消耗能源，而且機械磨損大，嚴重影響裝置的壽命。 事實上，當無人進入潔淨室工作時，主要汙染物就消失了，排風系統只需要排出較小的排風量殘留的有害物質，因此，送風量也可以相應減少，只要能保持潔淨室的正壓， 此外，即使在生產狀態下，排風系統的使用也不盡相同，因此，根據排風系統的實時情況，可以及時調節送風量，可以非常有效地降低通風空調系統的能耗。
PCB無塵車間空調系統由於其風量大、新風負荷、阻力大等特點，能耗非常高，是一般空調系統的數倍，因此，潔淨室空調系統的節能設計和執行具有很強的必要性和潛力通過減少和優化氣流組織，將淨化後的風量與空調風量分離，減少潔淨區，可以顯著降低系統的送風量通過設定系統排氣罩等優化配置措施，降低系統新風量;採用自動控制和強化管理，可以優化系統的風量執行，顯著降低系統的能耗水平。