第一種稱為遺傳易感性，在我們的學術界普遍認為克羅恩病是一種遺傳性疾病。
第二種免疫系統異常 免疫系統在克羅恩病的發生發展中起著重要作用，這可能是由於機體免疫系統的異常反應，導致對正常腸道菌群、食物或其他物質反應過度，引發腸道炎症。
引起炎症的第三個消化道是免疫系統的紊亂當我們的消化道不斷接觸來自我們的食物或環境中的細菌和病毒等病原體時，我們的腸道免疫系統會努力調動全身的資源來對抗病毒和細菌，但是當這些病毒或細菌被摧毀後， 免疫系統不會立即關閉，然後引起相關的炎症。
第四種是腸道菌群失調，其中腸道微生物群是人體腸道中與宿主腸粘膜共生的生物體的集合。 在克羅恩病患者中，腸道菌群存在失調。這可能與克羅恩病的炎症反應有關。