所謂司令部，主要負責軍隊的戰術指導、戰場協調、戰略決策至於“總參謀部”，它在軍事層面被賦予了更多的任務，特別是在處理複雜的軍事問題方面。 軍改將司令部改組為總參謀部，初衷是為了更好地適應現代戰爭的新形式、新趨勢，提高我軍實戰能力。
以聯合參謀部的成立為例，作為團級以上作戰部隊的參謀單位，其負責人仍稱為參謀長，雖然職稱不變，但實際上已經從部門負責人晉公升為實質意義上的作戰單位高階領導， 主要負責協助軍事指揮員進行全方位的作戰準備、組織指揮等重要工作。在這次煥然一新的軍隊改革中，總參謀部的新職責包括安全保障、教育訓練、軍事研究、情報資訊收集分析等多項任務，這些任務都關係到軍隊的整體戰鬥力和國家的國防安全。
同時，我們不能忽視其他非戰鬥軍事單位，它們也有相應的參謀部，有參謀長。 比如過去總後勤部和第一預備隊部經常被誤以為只負責地方部隊需要的物資，但實際上他們也有自己相應的部隊，比如武漢後方基地、衛星發射中心等。 原有附屬單位撤銷後，總後勤和**的指揮水平明顯降低。 有趣的是，這些部隊的大多數參謀長都是正規軍軍銜，而不是過去在部門擔任副手的角色。
軍事改革的另乙個重要變化發生在我國的軍事院校。 本來，承擔戰鬥任務的部隊沒有乙個參謀部，但在44個軍事院校中，有6個已經作為特殊存在而出現，他們不僅有參謀部，甚至還選擇設立參謀長，這些軍事院校的名稱是： 陸軍航空學院、海軍航空航天大學、空軍航空大學、空軍哈爾濱飛行學院、空軍石家莊飛行學校、空軍習飛行學校。顯然，這六所軍校的鮮明特點在於與航空飛行的緊密聯絡，致力於為空軍、陸軍航空兵和海軍航空兵提供優秀的空軍人才。
飛行員這樣超然、特殊的職業屬性要求極其嚴格的人員選拔標準、極其漫長的培訓週期、持續的資源投入，尤其要求培訓體系達到最高標準。 這六所軍事院校和副軍級院校、行政級院校，是這條高效精準的飛行員訓練路線的關鍵起點，追求戰鬥教學質量，樹立了為戰鬥而教育人的理念，他們負責著“教學、 訓練、科研“，甚至會設立訓練基地、訓練旅、訓練團等訓練單位，這種內臟分工與作戰部隊無異，還設立了龐大的參謀部，其負責人的崗位仍是參謀長。