農村土地承包權屬、登記後的經營權糾紛時有發生阿宇總結道一般分為兩個階段和四種情況，每個階段的權利確認物件都不同。
1、權利登記與確認。 現階段主要存在“登記錯誤”“未實際取得土地承包經營權”等問題。
根據原文農村土地承包法第十一條（現第十二條）規定，第二十三條規定：“縣級以上地方人民應當向承包方發給土地承包經營權證書或者林權證書等證明，並登記登記確認土地承包經營權。 據此，原土地承包經營權確認機關為：縣級人民**、縣級農村土地承包管理部門、同級人民**。 
在2024年《農村土地承包法》第二次修訂中，將本條內容修改為第二十四條：“國家實行耕地、林地、草地統一登記”，即確權登記由國家統一進行。 《中華人民共和國農村土地承包經營證書管理辦法》第十條規定：“農村土地承包經營證書登記簿、承包合同登記等登記資料由縣級以上地方農業行政主管部門管理。 “因此，目前，土地承包經營權的確認機關包括縣級以上地方人民**的農業農村、林業草原等主管部門。 
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在權利登記和確認中容易發生爭議的兩種情形：
案例一，註冊錯誤。 農村土地承包合同的當事人考慮農村地區有權申請更正的，土地合同、經營證書或登記簿有錯誤的，有權申請更正。 因此，當事人可以直接向鄉（鎮）人民**農村管理部門提出更正申請。
第二種情況是尚未實際取得土地承包經營權。 在這種情況下，雙方應：向有關行政機關提出申請，而不是通過訴訟。 根據《最高人民法院關於審理農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》，同一農村土地承包戶成員因未實際取得土地承包經營權而提起民事訴訟的， 法院應當告知其向有關行政部門申請解決持續訴訟的，依法裁定駁回起訴。
2.所有權糾紛的確認。 現階段主要存在“一地兩保”和“權屬糾紛”等情形。
《土地權屬糾紛排查處理辦法》第十四條規定，農村土地承包經營權糾紛不屬於土地權屬糾紛範圍不屬於人民群眾首先辦理的土地確權案件範圍**。 人民**作出確認權的決定，作為土地確權案件處理農村土地承包經營權糾紛案件，屬於越權違法行政行為。
因此，如果農村土地的承包經營權已經登記，則相關權屬糾紛不屬於行政糾紛或行政案件本鎮**無權利確認權，但屬於合同糾紛和民事案件。 雖然當事人無法提起行政訴訟，但您可以選擇協商和解或請求調解或向農村土地承包仲裁機構申請仲裁或者直接向人民法院提起民事訴訟。 在兩種情況下，可能會因所有權問題而產生爭議：情形3為“一地兩包”，情形4為“權屬糾紛”。是兩份土地承包合同生效前後，當事人之間的權屬糾紛，當事人可以請求發包人（村集體經濟組織）協調解決，或者合同的效力應當通過仲裁或者民事訴訟確定，所有權的歸屬應當由合同的效力確定，農村土地承包經營權的歸屬應當由法院確定。
法律依據：《中華人民共和國農村土地承包經營權管理辦法》
第十條 農村土地承包經營證書登記簿、承包登記等登記材料由縣級以上地方農業行政主管部門管理。 農村土地承包方有權查閱、複製《農村土地承包經營權證書》的登記簿等登記資料。 縣級以上農業行政主管部門不得受到限制和阻撓。
第十五條 辦理農村土地承包經營權變更申請，應當提交下列材料：a） 書面變更請求;
（二）已變更的農村土地承包或其他證明材料;
3）農村土地承包經營證書原件。
第十六條 鄉（鄉）人民**農村管理部門受理變更申請後，應當及時審查。 符合規定的，應當報原發證機關辦理變更手續，記入農村土地承包經營證登記冊。
第十七條 農村土地承包經營證書嚴重汙損、毀損或者遺失的;最高人民法院關於審理農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋承包人應當向鄉（鎮）人民**鄉管部門申請續期、補發。
經鄉（鎮）人民**農村管理部門審核後，報原發證機關辦理續發、補發手續。
第一條 涉及農村土地承包的下列民事糾紛，人民法院應當依法受理： （一）合同糾紛;（二）侵犯承包經營權糾紛;（三）承包經營權轉讓糾紛;（四）徵收承包土地補償費分配糾紛;（五）承包經營權繼承糾紛。 集體經濟組織成員因未實際取得土地承包經營權而提起民事訴訟的，人民法院應當告知其向有關行政主管部門申請解決。 集體經濟組織成員就分配土地補償費數額提起民事訴訟的，人民法院不予受理。農村土地承包法
第十二條 農業農村、林業、草原主管部門按照各自職責負責指導全國農村土地承包管理工作和承包管理工作。縣級以上地方人民**農業農村、林業草原主管部門按照各自職責，負責本行政區域內農村土地承包和承包的管理工作。
鄉（鎮）人負責農村土地承包管理及本行政區域內承包管理。
第二十四條 國家對耕地、林地、草原等實行統一登記，登記機構應當向承包方頒發土地承包經營權證書或者林權證書等證書，並予以登記，確認土地承包經營權。土地承包經營權證書或者林權證書等證書應當包括所有擁有土地承包經營權的家庭成員。
登記機構除按照規定辦理證書的費用外，不得收取其他費用。
第五十五條 因土地承包經營發生糾紛的，當事人可以協商解決，也可以請求村民委員會、鄉（鎮）人民等進行調解。土地權屬糾紛調查處理辦法當事人不願意協商、調解，或者協商、調解不成的，可以向農村土地承包仲裁機構申請仲裁，也可以直接向人民法院提起訴訟。
第二條 本辦法所稱土地權屬糾紛，是指土地權屬或者使用權糾紛。第十四條 下列案件不予受理為爭議案件：（一）土地侵害案件;（二）行政區域界別爭議案件;（三）土地侵害案件;（四）農村土地承包經營權糾紛案件;（五）其他不屬於土地權屬糾紛的案件。