日本海軍航空兵部隊的組織層次結構如下：
空軍 - 空軍，聯合空軍 - 空軍 - 支隊 - 小隊。
1941年4月，航空母艦首次編入第1航空艦隊，中途島戰敗後，第1航空艦隊被撤銷，航空母艦編隊以空軍形式混入第3艦隊。 其他機隊實際上是海軍的陸基航空部隊，陸基空軍和空戰部隊也可以併入其他各種機隊。
第1航空隊 （1）：1941年4月組建的航母編隊，由南雲忠一指揮，管轄第一航空隊，裝備有零戰、99艦爆、97艦攻擊等艦載機。 在第一次遠征中，第一航空隊的六艘航空母艦被用作攻擊珍珠港的機動部隊。 1942年2月，他從大陸南下，編入近藤信武南部部隊，先是進攻東南部的新不列顛島和紐幾內亞島，然後進入班達海和爪哇海進攻澳大利亞達爾文港，並參加爪哇行動。 4月，它進入印度洋作戰，轟炸錫蘭島。 在中途島行動中，它是機動部隊的主力，第1航空隊負責轟炸中途島並發現並摧毀美國**隊，第4航空隊襲擊了阿留申群島。 中途島戰敗後，它於7月被撤銷。
第1航空隊（2）：1943年7月，第1航空艦隊成立，最初直接隸屬於大本營，不久隸屬於聯合艦隊，總部設在天寧島，是繼第11航空艦隊之後新陸上空軍的主力。 最初，它有兩個航空兵團和17個航空兵團，擁有約1,200架飛機。 1944年6月馬里亞納行動前夕的機構情況是：
第61航空隊（馬里亞納群島）有9個航空隊和672架飛機
第22航空隊（加羅林群島）有8個航空隊和552架飛機
第23航空隊（澳大利亞北部）有3個航空大隊和168架飛機
第26航空隊（菲律賓）有3個航空隊和240架飛機
馬里亞納行動後，艦隊司令部撤回菲律賓宿霧，參加台灣沿海空戰。 10 月 15 日，駐紮在達沃的第 26 航空隊司令有馬正文在試圖撞擊一艘美國航空母艦的 1 型陸地攻擊中被擊落身亡，這是日本海軍航空兵自殺式襲擊的前奏。 10月底，雷伊泰灣海戰後，第1航空艦隊遷往台灣，1945年5月由高雄衛戍部兼任，6月出售。
1943 年 8 月，黑島龜門擔任軍事指揮部第二任部長時，海軍的特種攻擊戰術和技術準備正式確立，第一次實施是在第 1 航空艦隊。 1944 年 10 月，艦隊第一任指揮官大西瀧次郎在馬尼拉基地組建了由關上尉率領的第 1 神風特攻隊。 25日，管興南的艦隊在薩馬島附近海域擊沉了美國護航航母“三羅”號，艦隊23人全部遇難（關興南是追擊金忠左的第70海軍士兵）。 戰後，有9564名日軍士兵直接在特攻作戰中陣亡，80%以上的海軍官兵，其中大部分是航空兵。 大西瀧次郎被公認為海軍空襲的始作俑者，當日本宣布投降時，軍指揮部副部長大西瀧次郎於同日自殺身亡，他的遺言是“告突擊隊的英雄精神......我將把我的死獻給我以前的下屬和他們的家人的靈魂。，這可以看作是對特殊攻擊死亡的解釋。
第二航空隊：1944年6月，在高雄成立，司令員是傅六凡。 他負責台灣與西南群島之間的空中作戰，並管轄台灣第21航空隊和西南群島第25航空隊。 10月中旬，台灣沿海航空兵為主力，隨後西南方面艦隊進駐呂宋島，在雷伊泰灣作戰，24日，一艘彗星船爆炸，嚴重損壞了普林斯頓號航空母艦（後來自行沉沒）。 數百架飛機在戰鬥中喪生，次年1月，由於前線向北移動，戰線被撤回。
第三航空隊：1944年7月，聯合艦隊在大陸成立，駐紮在千葉縣的木更津，作為大陸的東部防禦，最初由第27航空隊管轄。 硫磺島戰役後，他參加了對九州南部沖繩的特別攻擊。
第5航空隊：1945年2月，他駐紮在九州大分，擔任西部地區的防禦。 8 月 15 日，天皇詔書播出 5 小時後，艦隊司令宇垣遠玄（曾任山本五十六的參謀長）率領一組彗星船從大分基地飛往沖繩島。 關於宇垣艦隊的下落有多種說法，但由於沒有盟軍的記錄，這個詞被列為日本投降後的自殺，而不是在戰鬥中死亡。 兩天後，久坂龍之介接任第5航空艦隊司令。 8月15日，確實有記載，宇垣決定發動最後的特攻，隨行的官兵們當然知道此行的目的，但誰也不知道宇垣最終是如何改變主意，放棄特攻的。
第10航空艦隊練習聯合航空隊：1943年2月，聯合航空隊在該州成立，作為飛行訓練部隊，其管轄下屬第一支聯合空軍。 1945 年 3 月，聯合航空隊改編為第 10 航空艦隊，並擔任中部地區防衛作戰司令前田稔。
第11航空隊：1941 年 1 月，所有用於對外戰爭的陸基空軍都組建為第 11 航空艦隊。 一開始，它隸屬於隸屬於艦部隊第34驅逐艦大隊的第1航空旅。 第11航空艦隊一成立，就接管了由中國艦隊指揮的對中國大陸的轟炸。
12月10日，駐紮在西貢的松永鎮第22航空艦隊出動了26架1型對地攻擊和68架96式對地攻擊，擊沉了英國東方艦隊主力威爾斯親王號戰列艦和戰列巡洋艦敵敵號。 1942 年初，第 11 航空艦隊司令部駐紮在天寧島指揮南部的行動，在主要戰區的羅蒙行動中損失了 6,000 架飛機和 2,362 名飛行員。 12月，它被轉移到拉包爾，並與第8艦隊併入東南方面艦隊，並縮減為一支地區部隊。 直到戰爭結束，艦隊一直被困在該地區，只有第 958 航空隊在其管轄範圍內。
第12航空隊：它成立於 1943 年 5 月，並於 8 月併入東北方面艦隊，司令官戶冢道太郎兼任東北艦隊司令官，後來司令官後藤英司和宇垣萬司司令員兼任司令官。 1943年底，他參加了馬紹爾群島行動，遭遇了慘敗，東北方面艦隊被廢除後，直接隸屬於聯合艦隊，1945年2月，由大里衛戍司令部兼任。
第13航空隊：1943年9月，西南方面艦隊依次成立，即西南方面艦隊司令部兼任西南方面艦隊司令部，西南方面艦隊移駐菲律賓後隸屬於第10方面軍艦隊，駐紮在新加坡。 早期，他負責第一航空隊，先後指揮高須四郎和三河軍。
1.大川內傳。
第七，田地穩定，祝福多方。
第14航空隊：1944 年 3 月，中太平洋艦隊依次成立，由最初管理第一航空隊的南雲忠一成立，在 7 月的塞班島行動中被摧毀和撤銷，成為壽命最短的航空艦隊。
戰爭結束時，美國海軍作戰部長金和太平洋艦隊司令尼公尺茲就以下人事規則達成一致：所有艦隊和特遣部隊的指揮官和參謀長必須具有擔任海軍部隊首席軍官的經驗，其中一人擔任航空部隊首席軍官。 相比之下，日本陸軍和海軍航空兵部隊指揮官的任命很少考慮專業背景。
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