早期籌備建黨的人都是年輕人，沒有收入，陳獨秀、李大釗等人講課、寫文章做宣傳組織賺的錢遠遠不夠，所以經費問題成了中國共產黨成立之初的大問題。
1920年成立上海分公司，21世紀初成立廣東分公司。 黨組織成立後，面臨經費問題。 黨的宣傳刊物不得不停刊，啟蒙和教育工人的工作不得不停刊。
即便如此，陳獨秀仍然主張獨立，反對接受共產國際的財政援助。 他曾在支部會議上說：“黨員要一邊工作，一邊進行革命，我們黨目前沒有工作，要錢也沒用，革命必須靠自己的力量才能做到最好，我們不能向第三國際要錢。 “我們不能要別人的錢，拿了別人的錢，就得跟他們走，要獨立做，不被別人控制。” 總之，我不想被別人牽著鼻子走。 ”
1921年6月3日，共產國際代表馬林抵達上海。 當時，陳獨秀在廣東，李達書記、李漢軍書記拒絕了馬林加入共產國際的提議，並按照陳獨秀的意願提供資金。
在馬林的敦促下，上海市黨支部向全國發出通知，要求各地派兩名代表到上海參加“第一次全國代表大會”。 為了防止全國各地的代表因為差旅費問題而耽誤參會，馬林在發出邀請函的同時，給每位代表送了100元，他還多次發信電報，要求陳獨秀回上海參加“第一次代表大會”會議， 甚至還派包惠生去廣東接陳獨秀。不過，因為陳獨秀也是大學預科部的主任，他想爭取一筆錢來修繕校舍，於是就任命包懷生代他出席“第一次全國代表大會”。
1921年9月，陳獨秀在回上海的路上對鮑懷生說起了共產國際，“我們不需要依賴它。 “由中國人自己組織黨，中國革命靠中國人自己來組織。 ”
對此，馬林曾公開表示“一年來，第三國際在中國花費了20多萬元，中國同志取得的成就讓中國同志太惰了。”。陳獨秀立刻與馬林發生衝突，反駁道：“我們中的一半人用得太多了，以至於他們中有一半是第三國際的代表，他們把自己帶到平房裡吃麵包，如何誹謗別人。 ”
馬在與陳獨秀的會談中說，中國黨應該聽取共產國際的意見。 陳獨秀說：“中國革命有中國的國情，目前不需要國際經濟援助，中國共產黨的工作也不需要凡事依靠國際社會，我們有獨立性。 ”
1921年10月4日，陳獨秀**。 各行各業都組織了救援行動。 10月26日，法院判處陳獨秀明知擁有《新青年》雜誌，並處以罰款500兩，結案。 後來，陳獨秀得知自己能夠如此迅速順利地出獄，除了來自各界的救助外，馬林還下了不少功夫，花了很多錢開闢了各種關節，並邀請了法國著名律師巴赫出庭為他辯護。
陳獨秀對包惠生說：“如果不是他救了，這個案子也不會很快順利結案。 我要親自去感謝馬林。 馬說：“中國黨的一切工作完全在中國共產黨的領導下，作為共產國際的代表，我只與中國共產黨的最高負責人保持經常聯絡。 ”
陳獨秀說：“中共支援共產國際，應該尊重共產國際代表的政策建議。 此後，陳獨秀與馬林景的關係有所改善，中共討論了接受共產國際補貼的方法，從此中共接受了共產國際的領導和財政援助。