電影《明大劫》講述了明朝崇禎十五年（1642年）的故事，內外紛亂，內瘟猖獗，外來敵人紛紛進攻。 崇禎帝只好釋放了身陷囹圄的孫傳庭，率領軍隊攻敵。 周行醫生吳能幫孫傳亭**治軍瘟疫。 瘟疫可以治好，但明朝已經到了絕症的地步，再也治不了了。
電影通過兩條線講述了故事，一條是將軍孫傳亭，另一條是醫生吳有可，兩人都在各自的領域積極應對，醫生能治瘟疫，將軍救不了明朝。
奉命面對皇帝詢問的孫傳亭說，他可以用5000名精銳士兵進攻。 此時的孫傳亭剛從死囚牢房出來，對外面的情況還不太了解。 到了潼關，孫傳亭才知道事情的嚴重性，瘟疫是一回事，但更重要的方面是，軍中的**不老練，糧食不夠，鄉紳為了自己的利益，在軍中占有糧田，不出錢。 瘟疫和軍隊中的各種情況，使孫傳亭一次又一次地推遲了出關的時間。 孫傳亭只好用武力手段，讓鄉紳交出錢來改進武器，在出關前把得了瘟疫的人都殺了。 這是沒有辦法的，如果你出去了，瘟疫的人帶不帶會很棘手。
吳有可因為受不了職場的氣氛，選擇成為一名旅行醫生。 當他叛逃到他的主人那裡並跟隨他到軍隊接受治療時，他發現了瘟疫。 因為與師傅的不和，他選擇再次成為一名旅行醫生，發現周圍的村莊都陷入了困境。 當他回來時，主人已經死於瘟疫。 吳有可繼師傅為軍醫，他用自己的方法**瘟疫，隔離生病的士兵。 在得知孫傳亭即將出關後，他殺掉了所有生病的士兵，再次選擇成為一名旅行醫生，並沒有跟隨孫傳亭出關打仗。 最後，吳有可將自己的醫術總結成書，傳了下去。
孫傳亭和吳有可，雖然是一書生一武者，但還是有相似之處的。 雖然身處亂世，但兩人都是理想主義者，無論遇到多少困難，孫傳亭還是會率兵出關出征，哪怕他知道這一仗未必打不贏; 吳有可會主動**那些得了瘟疫的士兵，哪怕他們知道自己最後可能會死。 一文一武，兩者還是有區別的，作為醫生，吳有可的職責就是治病救人，他不明白孫傳亭為什麼在出關時殺了生病的士兵，但作為孫傳亭將軍，他也沒辦法。 孫傳亭的狠心早就表現出來了，一是在糧庫的時候，當著小姑娘的面殺了父親，二來是當著老婆的面殺了綁架妻子的綁匪。
最終，孫傳亭率領士兵出關，戰死在戰場上，吳有可躲藏起來完成自己的醫療工作。 在當時身患絕症的明朝，無論是英姿颯爽的孫傳霆，還是冷漠的吳有可，都救不了疲憊不堪的明朝，也無能為力。 在電影中，吳有可說，“我積斂了很久的惡，盲目吃強藥是治不了病的。 “我覺得對於明朝來說，孫傳亭是猛藥。 只不過，對於長期受苦的明朝來說，已經沒有用了。