LPS（脂多醣）中性溶液在室溫下放置數月，其生物活性無明顯變化，其生物活性可在4或低溫冰箱中維持數年至數十年。 凍乾LPS中性粉末，可在室溫或冰箱中放置數十年或更長時間而不會失去其生物活性。
細菌LPS具有很強的耐熱性，一般高壓滅菌不能使其失活，115 30 min濕熱只能破壞約25%的內毒素活性。 內毒素可在50%相對濕度下被環氧乙烷滅活。 當LPS水溶液在不同溫度下處理時，發現在200 1 h時仍能檢測到內毒素活性，當進一步加熱至250 30 45 min或180 3 4 h時，活性完全消失。 我國2024年版《藥典內毒素檢驗法》規定，玻璃器皿的熱原處理為250°C幹烘1小時以上。
LPS在室溫下在酸性溶液中的部分降解主要是由於核心多醣與脂質A之間的糖苷鍵斷裂，在加熱條件下可以加速。 在 0在1N乙酸中，100、45min可使LPS失去90%的生物活性。 在加熱條件下，強酸溶液可以完全破壞LPS分子。 50% 檸檬酸鹽 （pH 1.）0） 水解反應性基團，如磷酸基團或脂質 a 的羥基脂肪酸。 鹼性因子主要導致附著在脂質A骨架上的磷酸酯鍵和脂肪酸酯鍵水解，破壞脂質A結構，導致LPS分子失活。 因此，LPS應儲存在中性低溫條件下。
長時間（48h）和大劑量的CO60照射後，LPS的結構可以被完全破壞。 如果可能的話，對於不能用乾式烘烤處理的實驗裝置，可以通過長期和高劑量照射去除LPS。
雙氧水是一種強氧化劑，具有防腐、殺菌、除臭、清洗等功能。 其分解後，能釋放出大量新的生態氧，可氧化分解LPS。 過氧化氫主要在LPS中脂質A還原端的C1位置裂解磷酸基團。 單磷酸鹽脂質A的毒性明顯弱於野生型LPS，這與過氧化氫降解LPS後毒性降低一致。
結果表明，氯石灰溶液（含5000mg L有效氯）在20 mg下滅活30min，氯胺T溶液（含5000mg L有效氯）20 min，滅活70 min，可滅活95%以上的LPS活性。 在60°C加熱的條件下，等量的內毒素只需40min即可被氯胺T滅活2%酸性高錳酸鉀2min，10%中性高錳酸鉀可使95%以上的LPS失活160min。