在此期間，作為中國最高科學文化研究機構的學院對院長的要求非常嚴格。 他必須是乙個學者，而不是乙個純粹的**。
但是，作為**研究所的最高行政領導，他不能是乙個孤立的學者，對政治不敏感，缺乏組織能力，不被信任。
選拔乙個兼具學術素質和政治才能的院長，關鍵在於選任院長的機制。 因此，當時的規則是，中央研究院院長的遴選應由**研究所的評審團投票選出三名候選人，然後從中選出國家**。
評審團是全國最高的學術評價機構，由學者組成，他們只有推薦權，不能任命; **有權任用，但只能在學者推薦的候選人中進行選擇，不能隨意選擇。
這種設計旨在尋求學術界與政治之間的平衡，以及兩者的相互制約。 **研究所第一任所長是蔡元培，他是無可爭議的最佳人選，因此無異議當選。
然而，1940年3月初，蔡元培先生在香港病逝，於是繼任總統的補選被提上日程，引發了一場風波。 通過這場風波，我們可以更清楚地看到當時學術界與政治的角力。
胡、翁文浩、朱家華最有發言權，都是因為他們都是著名的學者和政治家。 其中，胡的威望最高，就連周炳林、陳淵、陳寅科、傅思年等著名學者都公開支援。
更有甚者，他專程前往中國首都重慶，為胡投下選票。 然而，學者們很快意識到問題的複雜性。 原來，抗日戰爭爆發後，胡石於1938年底成為中國駐美國大使。
當時，中國正處於抗日戰爭最困難的時刻，胡伶亟需要敦促美國改變對中日中立的態度，以便在抗日戰爭中尋求美國的援助。
然而，此時太平洋戰爭尚未爆發，美國也未參戰。 因此，學者們意識到胡石負有國家責任。 有鑑於此，不應允許他回國擔任中央研究院院長。
胡和蔣介石之間還有乙個複雜的因素，那就是駐美大使的職位。 腐敗的孔湘熙一直夢想著把這個職位揣在自己的口袋裡，所以他暗中行動，極力主張將胡石調回**研究所，由他的心腹顏惠卿接任駐美大使。
儒家的名聲一向不好，訊息一傳開，書生們更是反感。 這讓很多學者陷入了兩難境地，他們希望胡石能回國擔任**研究所所長，但他們也不希望孔晝晌插手駐美大使一職。
就在眾人猶豫不決的時候，蔣介石突然插話，明確表示要大家選顧夢玉。 回國後，歷任北京大學德語系主任、經濟系主任、經濟系主任，1925年底任廣東中山大學校長，後加入國民黨。
20年代末，他擔任全國執行委員會委員、宣傳部部長、中央常委，30年代，他擔任鐵道部長、交通部長、政協秘書長。
顧夢雨與汪精衛關係深厚，反對蔣介石。 但王氏造反後，顧堅決不參與偽**，回重慶後一直閒著。 這一次，**研究所所長空缺，蔣介石想讓顧擔任院長，他有學術背景，不是中心位置，所以蔣介石可以藉此來安排政敵，表現出寬巨集大量。
然而，蔣介石對候選人的政治選擇和違反規則的行為引起了學者的強烈反應，他們認為他破壞了學術自由和獨立。 在投票前的晚宴上，陳先生強調了學術自由的重要性，並表示江不能只當選書記。
隨後進行了非正式投票，結果是翁文浩23票，胡石22票，朱家華19票。
蔣介石得知此事後，對朱家華的行為表示不滿，建議發電報要求胡回國。 1940年3月22日，參議院正式召開，次日舉行了總統候選人選舉。
評委們以無記名投票方式提名了三名候選人，結果，翁文浩和朱家華各得24票，胡適得20票，李思光、王世杰各得4票，顧夢雨僅得1票。
有學者為了蔣介石破壞學術自由，故意不投票給胡，但胡還是得到了那麼多選票，充分彰顯了他的威望。
顧夢雨只得了一票，顯然是學者們用他們的選票來表達對蔣介石干涉學術的不滿。
按照相關規定，翁文浩將得票最多的前三名人物名單報給百姓**。 由於事情範圍很廣，蔣介石在猶豫了半年後，直到9月才決定選擇朱家華。