石帝是元朝專門設立的職位，體現了元朝對宗教的管理。 它起源於“國師”。 早在蒙哥汗時期，蒙古就任命和尚海雲掌管教法，道士李長真掌管道教事務，克什公尺爾納摩為國師，授予玉印，普世講解教義，可見當時蒙古王室已經管理過各種宗教， 並任命了領袖，但每個宗教都由自己的人民領導。忽必烈成為大汗後，任命帕格巴為國師，這並沒有超出蒙哥汗對納摩和噶瑪帕基的尊敬，但同時，他也利用帕格巴“為中原之首，統治天下”，這已經具有了使佛教高於其他宗派，成為王室專屬信仰的意義。
1270年，元朝始祖忽必烈將帕格巴提公升為“御師”（見第133頁圖片），從此至元朝滅亡，歷代皇帝都被任命為皇帝。 藏族和漢族史書中記載的皇帝有十幾位，除了一兩位身份尚未確定外，其餘都屬於薩迦坤家族。 根據著名藏學家王森和東嘎洛桑赤利的研究，元朝皇帝的順序如下：
帕格斯巴（1235-1280），1260年至1270年任國師，1270年至1280年任忽必烈國師;
仁欽堅讚（1238-1279），帕格巴同父異母的兄弟，1276年至1279年擔任忽必烈的皇帝;
達摩巴拉（1268-1287），帕格·帕迪·查納·多吉的兒子，1281年至1286年擔任忽必烈汗的皇帝;
奕熙仁欽（1249-1295），帕格斯巴**，1286年至1291年擔任忽必烈汗的皇帝
扎巴·奧瑟（1246-1303）是帕格斯巴的侍從，1291年至1303年擔任忽必烈汗和袁成宗萬澤都的皇帝
仁欽堅讚（1257-1305），第四任皇帝奕熙仁欽的弟弟，1303年至1305年擔任元承宗萬澤都皇帝
薩姆·波貝（1267-1314），第五任皇帝扎巴·奧瑟的侄子，1305年至1314年先後擔任元承宗萬澤都、元武宗曲祿、袁仁宗蒲延都的皇帝
貢嘎羅柴堅讚貝桑波（1299-1327），帕格巴的侄子，1315年至1327年先後擔任元仁宗溥嚴都元英宗葛堅和元泰定鐵木爾皇帝;
王楚爾在西藏，《元史：石老傳》說，他在1323-1325年擔任元太定帝和孫鐵木爾的皇帝，但藏史書中沒有記載，可能是貢嘎羅皇帝不在大都時追擊堅讚貝桑波，他的事蹟有待檢驗;
貢加里·畢珍堅讚三波（1308-1341），帕格巴的侄子，1328年至1329年擔任元朝太定皇帝的御用顧問;
1329年至1332年登基為皇帝的仁欽扎西，也可能是暫時的**，《元史老傳》中列舉的皇帝，在藏史書中沒有記載;
貢嘎堅讚三波（1310-1358），帕格巴的侄孫，1333年至1358年擔任元順皇帝;
法格斯巴的侄孫拉欽索南洛猜（1332-1362）在中國史料記載中沒有記載，薩迦傳承史說他是皇帝的老師，似乎在1358年至1362年期間是元順皇帝的皇帝老師;
1362年後元末年任裘巴藏布，任皇帝的老師，進入明朝後，被封為“熾佛寶國師”。
皇帝地位崇高，當數百名官員上朝排隊時，皇帝的座位旁邊有乙個特殊的座位。 朝廷對皇帝的尊敬和崇敬，“無所不用其極，雖然皇帝、皇后、妃子、領主都因為出家而受到崇拜。 出差時，皇帝經常派大臣來迎接和送行，甚至還借出半個儀仗隊，共計1250人，為他開路。 每年二月，在辦佛事時，都會派108名僧人、100部戲曲來引導皇帝到京城。 皇帝的賞賜非常豐厚。 每個皇帝登基時，都要特意“躬身讚美”，這種詔書“羅竺是字”，稱為“朱昭”，即常見的“明珠詔”。 每一位皇帝立下後，皇帝也會賜予一枚地位高於金印的玉印，向天下下達詔書。
皇帝不僅在生前受到尊敬，死後也受到禮遇。 他死後，帕格斯巴不僅給了他乙個頭銜，還在京城為他建造了一座真身舍利佛塔。 當他到達袁英宗時，他還“命令每個縣建造皇帝的八四巴宮，其制度是見孔廟”。 元泰立帝時，“皇帝畫了八座四婆像十一，分給各省，供奉”。 在元朝的佛教活動中，皇帝圓寂的那一天與釋迦牟尼佛涅槃的日子相同。
皇帝的地位是“在皇帝之下，一人之上”，即統治天下的皇帝的佛教導師。 他受到尊敬，對皇帝負有職責和義務：第一，傳授佛法，傳授戒律，舉行入會儀式; 服從命令做佛事，希望延長聖潔壽命，為國家和人民的和平祈禱。 二是掌管天下僧尼，掌管佛事。 玄正院是管理全國佛教事務的行政機關，由皇帝掌管。 而且由於元朝主要利用佛教各教派的力量來統治全國的藏區，所以藏區的事務也都在皇帝的管轄之下。 三是負責弘揚佛教，弘揚佛教。 由此可見，皇帝是元朝的元朝前輩，一時不可或缺，當他因故不能在京師任職時，必須另任命乙個人。
1264年，忽必烈遷都大都，並設立了乙個名為“總制度院”的機關，負責國家的佛教事務和吐蕃地區的軍事和行政事務。 後來，由於唐朝在玄正宮接待吐蕃使節，元朝於1288年改名為宣正院。
皇帝的職責之一就是“領導玄正院的事務”，也就是說，他是玄正院的最高負責人，但真正掌管玄正院的卻是使者。 擔任使節的人大多是朝廷的重要大臣，第一使者由尚書三閣右丞相兼任，袁仁宗、應宗由中州右丞相鐵木蝶爾兼任，中州右丞相兼任伯彥， 元順時為中樞右丞相，後封為“秦王”。由此可見，玄正院的重要性及其與中州和樞密院的密切關係。
在袁國使之下，還有知識分子同僚、副使、參議員等。 玄正院也有一些附屬機構，如大都計畫提公升辦公室、上都規劃提公升點、大都提公升庫等，主要管理京城和皇帝駐夏的上都的佛教及相關事務。 在一些地方，玄正院也有玄正院的分支。 元代有杭州星玄正元，掌管江南佛教; 吐蕃行玄正元，處理初宗佛教事務; 還有福建玄正園、陝西玄正園等。
在宣正元時期，元朝還先後在全國藏區設立了三個宣使司都元帥府，即：吐蕃的宣使元帥府等地，主要管轄今甘肅、青海兩省的藏區，以及今四川甘孜、阿壩兩個自治州的北部; 吐蕃等道路宣告元帥府，主要管轄今四川、雲南兩省的藏族地區; 吳思藏納裡孫等三方宣傳使者前往司都元帥府，統治魏、藏、阿里三地區。 在三位宣府的元帥府下，還有一系列的**和組織架構，其中比較先進的，如宣府使的元帥、元帥、轉運、萬戶和一些重要的千戶，都是由皇帝或玄正元提名的， 然後由皇帝任命，萬戶之主和千戶之主由當地僧人和俗家領袖侍奉，允許他們世襲，這經歷了明清時期，直到近代。