陝甘歸叛，劉金堂炮擊金雞堡，馬化龍再次投降

經過與清軍漫長而英勇的消耗戰，馬化龍的犯罪金雞堡基地終於耗盡了糧食儲備。 到1870年9月，劉金堂只攻占了金雞堡周圍500多個碉堡中的十幾個。 為了加強進攻，劉金堂從上海運來了從德國進口的克虜伯攻城炮，並裝備了一批經驗豐富的炮手軍官。 雖然炮彈未能炸穿據說有35英呎厚的金雞堡城牆，但劉金堂任在10月建立了乙個炮兵陣地，並成功地將炮彈發射到城裡。

金雞堡的叛軍處於絕境，依靠基層和死者遺骸養活自己。 在難以忍受的困境中，馬化龍於1月向劉金堂投降，交出了46門山炮、293門土炮、1030支霰彈槍和180門外國槍。 左宗棠暫時擱置了對馬化龍的處決，希望他能說服其他甘肅回族投降。 然而，沒有乙個重要的酋長願意出來投降。

當清軍發現金雞堡藏匿的1200多支洋槍時，左宗堂怒吼令凌遲處死馬化龍及其成年男性親屬。 大約800名叛軍參謀和軍官以及1 000名士兵被處決。 140,000名身體健全的居民，包括多達110,000名來自陝西的回族人，被搬遷到平涼附近。 20,000名叛亂分子的家屬被送往甘肅南部的難民營。 清軍獲准掠奪要塞內的財物。 與此同時，1869年向劉嵩山投降的漢族後裔陝北掠奪者，在左宗堂的慫恿下，帶著家人到金雞堡定居，把金雞堡改造成漢族城鎮。