晉元時期全真派的建立，經過元代的快速發展，到明代初已形成“北全真一南”的雙峰對抗格局。
明代太祖朱元璋不喜歡全真宗，他說：“全真宗和禪宗一樣，道士只顧自己的修行，不利於社會道德化。 朱元璋曾經出家，對宗教有一定的了解，看法頗為獨特。 全真宗和禪宗確實有相似之處。 那麼，沾染了佛教氣息的全真教，還是道教嗎？
需要注意的是，全真與傳統道教確實存在許多不同之處。 首先，在觀念上，全真教強調三教一家。 紅蓮、白蓮、綠荷葉，三大宗教原本是一家人。 全真宗以《心經》、《儒家孝經》、《道德經》為三大經典，從儒家和佛教中引進和吸收了很多東西。 這確實與以往的道門有很大的不同。
在組織形式上，全真宗要求道士出家，這與以往的傳統也大相徑庭。 過去，道教並不要求僧侶成為僧侶。 只不過，一些聰明的道士，體會到了修道的喜悅，從此成為了和尚，在宮中獨立修行。
在全真宗中，情況並非如此，在全真宗中，切斷與塵土的關係是必要的要求，這與佛教的組織形式相似。 因此，與其他宗門相比，全真宗非常重視戒律，其學徒儀式被稱為“釋戒”;傳統道教更重視護身符，授弟儀式稱為“放甕”。 兩者之間有很大的區別。
更大的區別在於對修煉的追求。 全真宗的修煉理論包括聖道、超凡三境、修身法門、離開凡間等。 人們認為，“進入聖界的方式一定是多年努力，積累成績”。 要求做到“住在乙個房間裡，充滿性感”，“放在塵土中，心已經清澈在物外”。
全真宗祖師王重陽提出：“心忘心，心是欲超境，心忘了超越色境界，無空境界是超然無色境界。離開三界，神居仙聖地，性愛在玉清境界！他還說：“有法身的人也是無形的。 它不是空的，沒有前方，它不高，它不短不長，它是包羅永珍的，它隱藏得無影無蹤。 這些都表明了整個真道與佛陀融合並進入正道的思想傾向。
傳統的道教宗追求肉身的長壽，所有的修煉**，比如外丹的修煉，都是圍繞著這個目標展開的。 然而，王重陽對此卻明確批判，他說：“今天想永不死、永不離開世界的人，是愚蠢和不講道理的。 追求肉體的不朽是“大傻瓜”。 事實上，全真宗確實放棄了肉體不朽的理想，轉而追求精神不朽。
既然宗教哲學、組織形式、修煉目標都與以往的傳統道教大相徑庭，那麼全真宗還是道教嗎？答案是肯定的。 這是因為對道的追求與其他宗門完全一致。 各式各樣的道經，也被全真宗繼承和弘揚。
所以，就連明太祖朱元璋都不喜歡全真宗，在他合併管理天下道門的時候，不得不承認全真宗是道教的兩大宗門之一。