如果《農村土地承包管理證書》損壞、遺失或被發現已登記當事人可以申請更正、續期或者補發農村土地承包經營證書。 根據《中華人民共和國農村土地承包經營證書管理辦法》第十一條規定
農村土地承包合同當事人認為農村土地承包經營證書或者登記冊中的記載有錯誤的，有權申請更正。第17條：
農村土地承包經營證書嚴重汙損、毀損、遺失的;因此，農村土地承包合同當事人有權申請更正、續簽或者補發農村土地承包經營證書。 當事人應當向有關部門提出申請，經審查後向原發證機關報證，發證機關應當向提出申請的承包人重新頒發土地承包經營權證書。承包人應當向鄉（鎮）人民**鄉管部門申請續期、補發。
經鄉（鎮）人民**農村管理部門審核後，報原發證機關辦理續發、補發手續。
一、農村土地承包經營權錯誤登記應聯絡誰？農業行政主管部門辦理登記工作。 中華人民共和國《農村土地承包法》第二十四條第一款規定：
“國家對耕地、林地、草地等實行統一登記，登記機關應當向承包方頒發土地承包經營權證書或林權證書等證書，並予以登記，以確認土地承包經營權。 ”《農村土地承包經營證書管理辦法》第四條第三款規定：
“縣級以上地方人民農業行政主管部門負責農村土地承包經營證書的備案、登記、核發工作。 ”因此，承包土地位於農業農村局作為農業行政部門負責農村土地承包經營證書的備案、登記和發證。
2、相關部門不受理怎麼辦？是否有必要先行政復議後行政訴訟？
如果相關部門出具的證明有誤註冊，是否需要行政復議？根據《中華人民共和國行政復議法》第三十條第一款的規定
公民、法人或者其他組織認為行政機關的具體行政行為侵犯其依法取得的土地、礦藏、水流、森林、山地、草原、荒地、灘塗、海域等自然資源的所有權或者使用權的，應當先行申請行政復議;對行政復議決定不服的，可以依法向人民法院提起行政訴訟。因此只有行政行為侵犯了所有權或使用權雙方必須：首先進行行政復議，即行政復議必須在行政訴訟之前進行。 但是，承包和管理農村土地的權利註冊錯誤例如，對《農村土地承包經營證》登記的土地型別是否為基本農田只有異議，不屬於行政機關的具體行政行為侵犯其依法取得的土地所有權或者使用權的情形不屬於行政侵權行為，不適用預復議程式，當事人可以直接提起行政訴訟。
出現發證部門拒不處理登記錯誤的情形，可以依據《最高人民法院關於正確認定縣級以上地方人民**行政訴訟被告人資格若干問題的規定》第五條規定：
“縣級以上不動產登記機關或者實際履行當地人民**指定職責的其他職能部門依照《不動產登記暫行條例》的規定辦理不動產登記，公民、法人或者其他組織不服提起訴訟的， 不動產登記機關或者實際履行職責的職能部門為被告。公民、法人或者其他組織對《不動產登記暫行條例》施行前縣級以上地方人民**作出的不動產登記行為不服並提起訴訟的，以繼續行使職權的不動產登記機構或者實際履行職責的職能部門為被告。 ”因此，當事人可以是負責備案、登記、核發農村土地承包經營證書的地方農業行政主管部門，即當地農業農村局是被告自進行行政訴訟檢方。 法律依據：《農村土地承包經營權管理辦法》
第十條 農村土地承包經營證書登記簿、承包登記等登記材料由縣級以上地方農業行政主管部門管理。合法加油站農村土地承包方有權查閱、複製《農村土地承包經營權證書》的登記簿等登記資料。 縣級以上農業行政主管部門不得受到限制和阻撓。