土壤微生物多樣性也增加了土壤養分的多樣性，從地表到地下微生物活動的多樣性產生一系列有機物質來抑制或殺死競爭微生物。 如果一種細菌、病毒或真菌能夠抑制其他有害微生物的存活。 那麼可能是植物與細菌、病毒或真菌有共生關係，或者植物與為它們提供養分的微生物有共生關係，基於植物為特定微生物提供有機元素化合物促進生長，相應的微生物通過抑制致病性其他祖細胞和天敵的攻擊來保護植物， 或提供其他有益微生物。
據資料顯示，植物初級產物中約有30%（指植物通過光合作用轉化為有機質的CO2量）以有機酸的形式融入土壤中。
有機肥和生物肥可用於有機農產品的種植。 有機肥和生物肥是綠色產品，生產微生物肥料的原料也是農副產品（次生穀物、穀物等）和天然（牛羊糞、風化煤、秸稈等）。 農田使用的微生物肥料中的菌種均來自大自然，經過科學方法選取，不存在對人、動物、家禽和植物有害的微生物。
例如，有機肥和生物有機肥產品中的載體選自無公害的農副產品（芝麻餅、花椒餅、木薯粉等），經發酵腐爛後施用到土壤中會完全降解。 作為微生物肥料主體的各種細菌在田間發揮作用後，特別是農作物收穫後，大部分因養分而死亡和降解。
這也是為什麼微生物肥料不是一次性施用永久效益，應該使用多年，但有機肥生物有機肥富含大量有益於微生物活性的元素，可以增加各種休眠微生物菌的復活功能多年的有機肥使用經驗已經來到有機農產品的種植中，對環境、土壤、肥料、水，甚至風向都有一定的要求，最經濟的土壤改良是有機肥，生物有機肥、果樹、大田作物也離不開它。 有機農產品示範部門還批准使用有機肥和生物肥。 微生物肥是一種有機綠色肥料，有利於土壤環境的可持續發展。
科學嚴格的生產工藝和配方，優質的原料，30-45天，60-70攝氏度定期翻動，徹底分解發酵，保證品質，以保證產品在土壤中的活性得到充分發揮，土壤生物的多樣性與有機質的增加相結合，活性會越來越高， 土壤的活性和多樣性將更加豐富，更有利於作物的生長和產量的提高。（專有名詞**中國土壤，內容參考綠色萬田）。