職級晉公升制度的實施，對於暢通晉公升渠道，拓展晉公升空間，促進和激勵公職人員安心工作、勇於擔當，具有重要意義。 但是，在基層實施過程中還存在一些問題，在一定程度上影響和制約了制度的高效實施。
1.基層公務員對政策的理解有偏見。
基層公務員對平行崗位、平行職級的政策有一定的認識，但缺乏深入的了解和習，對政策的認識存在一定的偏差;因此，公務員隊伍中存在資歷後晉公升、職級晉公升等錯誤觀念， 有悖於政策初衷，不利於激發公務員工作積極性。這有幾個原因：
首先，基層公務員缺乏主觀理解政策意願。 一些基層公務員認為自己離晉公升還很遠，現在也沒必要了解，即使單位有相關宣傳，但主動學習習的意願不強，只是單純知道有這樣的政策，對政策具體細節的理解不夠深入。
其次，基層公務員學習和習政策的機會較少。 基層公務員的工作瑣碎繁重，鄉鎮基本沒有多餘的時間和精力開展隊伍平行政策的培訓工作，即使第一時間已經意識到培訓工作的必要性，但往往因為缺乏深刻的認識，培訓工作開展得不夠或半途而廢。
2.對公務員職級職位數量的限制，為職級晉公升創造了新的“上限”。
與2024年平行排名政策相比，現行政策縮短了晉公升週期，減少了晉公升所需的時間，有效降低了晉公升門檻，但新政策增加了職位數量限制，晉公升的等級越高，可晉公升的職位就越少，結構呈“金字塔”狀， 形成新的晉公升“天花板”，不利於實現全面、持續調動基層公務員積極性的目標。
首先，有大量合格人員晉公升到上乙個職級，該職級的空缺數量相對較少。 據網路資料顯示，某縣級機關四級調查員50人，實際配備36人，空缺14人，未晉公升172人，一級、二級主任書記設定228人，實際配備204人，空缺24人，未晉公升206人。 三、四級首席辦事員設定257人，實際配備241人，空缺16人，未晉公升、未晉公升、有晉公升資格的公務員人數堆積如山。
其次，擔任領導職務的公務員人數被擔任非領導職務的公務員人數所擠占。 據網路資料顯示，某縣級機關公務員綜合管理類一級主任辦事員249人，其中縣級管理級領導幹部110人; ** 首席辦事員367人，其中縣管、副科級領導幹部129人，這實際上減少了相當層次的非領導崗位公務員人數，在一定程度上阻斷了非領導崗位公務員的晉公升空間。
三是高層次崗位數量相對較少，實現高層晉公升難度很大。 據網路資料顯示，某縣級機關綜合管理類公務員中，一級主任辦事員249人，其中男性223人，55歲以上78人，女性26人，50歲以上13人; **共有367名文員，其中男性276人，55歲以上67人，女性91人，50歲以上31人。 對於大多數公務員來說，在主科級幹部正常退休和副科級幹部晉公升為主任辦公一級之前，很難實現更高階別的晉公升，很大一部分基層公務員很難晉公升到調查員四級以上。
3.激勵效應具有一定的侷限性和負面影響。
公務員職位和職級並行制的初衷，是通過職級順序為公務員提供另一條晉公升途徑，通過晉公升和晉公升帶來的好處，發揮制度的激勵作用。 然而，雖然等級制度具有積極的激勵作用，但它也顯示了激勵的侷限性。
一是晉公升後存在權利責任不一致的情形。崗位並列政策實施後，大量公務員通過職級通道獲得晉公升，緩解了因崗位不足導致的“崗位天花板”現象，對認真公務員來說是巨大的激勵。 但是，職務和職級並列制度明確規定了職位和職級的各自職責，擔任職務的公務員承擔領導責任，對本單位的黨委和整體工作負責。
二是不同級別、職級公務員的工資待遇差別不大，各級公務員容易出現懈怠。 平行制實施後，同級領導崗位和職級的薪資待遇差別不大，部分級別公務員產生了“不作為”、“得過且過”的消極思想。 此外，與四級主任文員一樣，第一級主任文員的晉公升略高於鄉科級副領導職務的晉公升，為了避免承擔工作責任，逃避工作壓力，在符合條件的情況下，部分年紀較大的公務員不願意擔任領導職務， 對公務員隊伍建設和整體工作產生負面影響。