疏水層析它是根據分子表面疏水性的差異來分離蛋白質或多肽等生物大分子的方法，其最大的優點是與蛋白質有溫和的作用，能最大限度地保持生物大分子的自然結構和生物活性。 高載鹽低鹽洗脫的吸附分離方式和層析原理，使疏水層析成為理想的互補純化方法，也可作為操作單元之間的調節技術，適用於高疏水性和耐鹽性蛋白質的分離，是純化抗體、疫苗、重組蛋白等大分子的有效手段， 干擾素、激素等，特別是在聚合物的去除方面。
1.疏水層析介質的包裝材料選擇
底架和粒徑
疏水性樹脂與離子樹脂相似，因為它們是由支架和疏水配體交聯而成的。 博格隆提供四種型別的HIC支架：Bestarose FF（快流瓊脂糖支架，90 m）、Bestarose HP（高解像度瓊脂糖支架，34 m）、Diamond（高剛性瓊脂糖支架，90 m）和Diamond Mustang（高解像度剛性瓊脂糖支架，40 m）。 這四種基質為瓊脂糖，保留了天然多醣的親水性和孔隙結構，其中Diamond和Diamond Mustang是高剛性瓊脂糖，具有更好的物理和化學穩定性。 疏水性樹脂粒徑小、解像度高、粒徑大、流速快，可應用於捕獲、中間純化、精細純化等蛋白質純化的所有階段。
疏水性
選擇疏水作用層析的關鍵是選擇合適的疏水強度較強的配體，如果蛋白質疏水性較強，則需要選擇疏水性較弱的介質，反之亦然。 不同配體和配體濃度介質的疏水力不同，常見疏水斷層掃瞄配體的疏水強度依次為：丁基-S<丁基<辛基<苯基。 苯基的疏水性最強，按配體取代程度可分為高亞（HS）和低亞（ls）辛基和丁基屬於脂肪族疏水配體，辛基鏈比丁基鏈更長，疏水性更強;Butyl-S 是疏水性最低的樹脂，適用於在較低鹽濃度下純化強疏水分子。 可先選擇疏水性最強的樹脂探究條件，在保證疏水層析成像適合於目標分子的分離後，可選擇其他樹脂，提高分離效果。
2.影響疏水色譜的因素
填料屬性。
蛋白質疏水性。
緩衝液（鹽型別和濃度、pH值、溫度）。
操作環境的溫度對色譜結果影響很大，純化過程中溫度應盡量保持恆定。