農民合作社作為一種新型的農業經營實體，在提高農業效益、增加農民收入、繁榮農村經濟等方面發揮了重要作用。 但是，在實際發展中，仍有一些問題亟待解決。
一是組織程度低。
目前，我國農民合作社數量較多，但整體組織程度較低。 許多合作社是由農民自發組織組建的，缺乏統一的管理和規劃，導致合作社未能充分發揮其職能和作用。 同時，一些合作社成立的初衷是爭取補貼或享受稅收優惠，而不是真正實現合作共贏，這也影響了組織的整體效率。
二是專業人才匱乏。
農民合作社的發展需要一批懂技術、能管理、善於管理的專業人才。 然而，目前大多數合作社成員受教育程度不高，缺乏專業知識和經驗，導致合作社的管理和運作水平有限。 此外，農村地區生活和工作條件相對較差，難以吸引和留住高素質人才，這也制約了農民合作社的發展。
第三，資本是單一的。
農民合作社的發展需要大量的資金支援。 但目前，大多數合作社主要依靠成員自籌資金和補貼，資金規模有限，難以滿足合作社發展的需要。 同時，由於合作社資產質量低下，難以從銀行獲得貸款支援。 資金短缺成為制約農民合作社發展的重要瓶頸。
四是內部管理不規範。
農民合作社的內部管理關係到組織的穩定和發展。 但目前，部分合作社在財務管理、收入分配、監管機制等方面存在違規行為。 比如，一些合作社沒有建立規範的財務體系，賬目混亂; 部分合作社收入分配不合理，影響了成員的積極性; 一些合作社缺乏有效的監督機制，容易出現內部控制等問題。 這些不規範的管理行為不僅影響了合作社的正常經營，也制約了合作社的長遠發展。
五是品牌意識不強。
品牌建設是提公升農民合作社競爭力的重要途徑。 然而，目前很多合作社品牌意識不強，缺乏品牌保護和宣傳。 這導致合作社的產品在市場上缺乏知名度和競爭力，難以獲得消費者的認可和信任。 同時，由於品牌知名度較弱，也容易導致假冒偽劣產品的出現，影響合作社的形象和聲譽。
綜上所述，目前我國農民合作社發展存在的問題主要有組織化程度低、專業人才匱乏、資金匱乏等。
一是內部管理不規範，品牌意識不強。 為了促進農民合作社的健康發展，需要採取一系列措施來解決這些問題。