有一些自然生物現象，明顯與主張演化論的人所說的“適者生存”和“用進用不用”理論相矛盾。
生活在深海中的兩種動物章魚和魷魚在完全黑暗中度過，與它們生活在相同環境中的大多數魚都是盲人。 奇怪的是，章魚和墨魚的眼睛結構與人眼大致相同。 根據“進而輸”的假說，他們真的不需要這些大眼睛。 根據適者生存理論，他們的眼睛不會增加生存競爭力，所以這個例子說明了進化假設的錯誤。
沒有競爭力的寄生蟲
生活在羊肝中的肝吸蟲一次產下約1500萬個卵，卵通過羊的糞便排出體外。 它的繁殖方式很特殊，一定有一種蝸牛爬過來，把卵附著在蝸牛身上，通過蝸牛移植到植物上，然後羊吃了植物，回到羊肝裡繁殖。 在這個過程中，一千五百萬個卵子中大約有十幾個存活下來。 這種繁殖過程在自然選擇中應該不容易與其他物種競爭，但肝吸蟲已經以同樣的方式繁殖了數百萬年。
生活在澳洲樹上的水獺速度很慢，排洩時必須爬到地上，雖然它在地面上的排洩有助於增加樹的養分，但由於它的運動速度慢，很容易被地面上的捕食者獵殺。 有很多動植物在繁衍和生存的過程中，出現這樣的不合理情況，按照自然選擇理論，它們應該很容易被淘汰。 但這些動植物已經活了很久，許多動植物的生理機能幾百萬年來都沒有發生重大變化。
馬的進化經常被引用為乙個循序漸進的例子。 據說，在始新世時期的岩層中發現了一種叫做始祖鳥的小型四蹄獸的化石，有科學家聲稱它是現代馬的祖先，認為其特徵與現代馬的特徵一致，表明了一種漸進的進化形式。 然而，迄今為止發現的考古證據並不完全支援這一觀點，我們還不確定始祖鳥是否是現在馬的祖先，原因如下。
1.有科學家解釋，始祖鳥馬的體型比現在的馬小，說明它從小到大逐漸進化到現在的馬的體型。 這顯然是不合理的，因為今天仍然存在大大小小的馬品種，例如，微型馬比普通馬小得多。
2.始祖鳥和現代馬都有 18 對肋骨，而一匹被認為是中間形式的馬 （orohippus） 有 15 對肋骨，而另一種中間形式的馬 （Pliohippus） 有 19 對肋骨。
3.始祖鳥馬的骨骼結構與現代鬣鳥非常相似，但尚未得到充分認可。 一些科學家認為始祖鳥與馬沒有聯絡，它可能是蹄兔的變種。
簡而言之，化石證據並不能解釋從低等生物到高等生物的進化理論; 相反，許多高等動物的化石經常突然出現在岩層中。 生命的起源究竟是什麼，多年來仍然是許多科學家的謎題。