我們都知道，方玄陵是鎮觀時期著名的丞相，成語“方牟都玄”中的“方”指的是方玄陵，他和唐太宗留下了不少關於明鈞和賢臣的好故事。 但很多人不知道，其實唐玄宗也曾兩次懷疑方玄靈，甚至差點殺了他，這是怎麼回事？ 有興趣的讀者可以跟著看。
方玄陵在太原出兵後加入了秦王府，雖然他和李世民有一種相見晚了的感覺，雖然在積極為李世民的未來做準備，但在人們的意識中，他並不是秦王集團的後裔。 這個概念在玄武門變革前夕尤為突出。
這時，李建成和李世民之間的矛盾公升級了。 為了打壓李世民，李建成要求李淵將李世民麾下的方玄陵和杜如輝調離京城，還下令未經皇帝命令，不得返京。 李世民決定發動玄武門叛亂，自然需要方玄陵這樣的文官來謀劃。 於是，李世民暗中派長孫無忌和尉遲景德去找方玄陵，希望他能回京。
不過，方玄靈性格謹慎，沒有皇帝的命令不敢回去，長孫無忌和尉遲景德也束手無策，只好回去如實向李世民匯報。 李世民得知方玄玲的態度後，非常生氣，以為方玄玲要叛逃了。 於是，他解開軍刀遞給魏遲景德，讓他再去找方玄陵，同時吩咐魏遲璟德，如果方玄陵這次不肯回京，就直接殺了他。
這一次，方玄靈乖乖的回來了，同時積極籌畫著玄武門的變遷。 後來李世民當上皇帝的時候，是以方玄陵的功為首的，這讓功勳卓著的李神通很不服氣，畢竟自從李世民在太原開軍以來，他就是李世民的追隨者。 李世民說，其他人打贏了仗，忙著搶金銀首飾，方玄陵先去領取當地證件和戶籍。 聽到這話，李神通無話可說。
雖然玄武門革命打消了李世民對方玄齡的一些懷疑，但李世民對方玄陵還是有些不信任，直到有一次方玄靈被李世民訓斥，命令他回家好好想想。 此時，孫大帝也走到了生命的最後一刻，臨終前她囑咐唐太宗：方玄靈一再想出奇怪的計謀，陪在你身邊這麼久，他一直小心翼翼，從來不該說一句不該說的話， 如果他沒有犯大錯，請不要拋棄他。
這件事之後，李世民再也沒有懷疑過方玄陵，甚至有一次有人指控方玄陵造反，李世民立刻讓人砍掉了告密者，這件事可見李世民對方玄陵的絕對信任，這兩個人也成為了後世有名的賢良賢大臣。