土地增值稅清算是指房地產開發企業對符合清算條件的專案，依照法律、行政法規和有關政策對土地增值稅進行清算，並按照規定向稅務機關申報繳納土地增值稅的過程。
1. 清算條件。
1.房地產開發專案已全部建成並出售;
2.開發專案已取得《建設專案竣工驗收備案表》;
3.房地產開發企業已完成稅務登記，取得稅務登記證;
4.房地產開發企業取得《土地使用權證書》;
5.房地產開發企業取得《建設用地規劃許可證》和《建設工程規劃許可證》;
6.專案投資的50%以上已由房地產開發企業完成;
7.房地產開發企業已取得《預售許可證》，並簽訂了《商品房預售合同》。
2. 清算流程
1.確定清算時間：房地產開發企業應當自滿足清算條件之日起90日內向當地主管稅務機關申報繳納增值稅。
2.編制清算報告：房地產開發企業應當按照國家稅務總局制定的清算報告編制清算報告，包括《土地增值稅清算表》和《土地增值稅清算時間表》。
3.提交清算資訊：房地產開發企業應當向主管稅務機關提交下列清算材料：
1）房地產開發企業營業執照影印件及影印件;
2）《土地使用權證明》、《建設用地規劃許可證》、《建設工程規劃許可證》、《建設工程施工許可證》、《商品房預售許可證》等相關證明檔案影印件;
3）土地增值稅清算報表及相關材料;
4）房地產開發專案的會計賬簿和憑證;
（五）主管稅務機關要求的其他材料。
4.清算資訊審查：主管稅務機關應當對房地產開發企業提供的清算材料進行審查，包括清算報告的完整性、合規性和準確性。
5.確定徵稅依據：主管稅務機關根據審計結果確定房地產開發企業的計稅依據，包括專案收入、工程造價、相關稅費等。
6.計算應繳稅款：主管稅務機關按照確定的稅費計算依據計算房地產開發企業應繳納的增值稅金額。
7.繳納稅款：房地產開發企業應當按照主管稅務機關核定的稅額向主管稅務機關繳納增值稅。
8.取得完稅證明房地產開發企業繳納土地增值稅後，應當向主管稅務機關取得納稅證明作為納稅憑證。
9.歸檔：房地產開發企業應將清算過程中產生的所有檔案和資料歸檔儲存，以供主管稅務機關核實。
3. 注意事項。
1.房地產開發企業應當認真履行土地增值稅清算義務，確保清算的準確性和合規性。
2.主管稅務機關應當對房地產開發企業的清算情況進行監督檢查，確保按時繳納和合規徵收稅款。