崇禎初月至五月，雖然袁崇煥所建立的關寧軍在收復遵雍四城的戰鬥中實力最強、最出色，但所有士兵都希望皇帝能夠赦免他們的統帥們的功勞和辛勤。 看到關寧將士對袁的熱情和支援，史書記載，崇禎一度有讓袁國元再次帶軍的想法，說：“保衛遼國不是蠻族。 ”
但經過三個月的朝廷反覆博弈（主要是因為有人想借此案打倒錢龍熙等內閣成員，同時製造新的反案，推翻“魏忠賢反案”的影響），8月，崇禎還是決定殺了袁崇煥， 並以非常殘忍的方式殺死了他——酷刑，同時把家人**放了2000英里，罪名是現成的：無效的委託，欺騙，盜竊城市的大公尺，斬首指揮官，長期縱火敵人，不戰而屈人之兵，四套增援，解雇......
此後，孫成宗擔任關寧軍最高統帥，在前線承擔起抗擊後晉軍的重任。
孫成宗繼續他的要塞推進戰略，即一步步建好要塞，通過增加要塞炮兵、增加屯田，一步步收復失地，形成戰略進攻態勢。
而他已經選定了目標——大凌河市。
此舉最大的缺點是成本高昂且不安全（明軍之前曾兩次修城，但都被敵人攻破），前進的勢頭會越來越弱。 至於優勢，一是“收復失地”，二是保證錦州的安全（大凌河市距離錦州只有幾十里）。
儘管朝廷上有人強烈反對，但孫承宗仍然堅持自己的判斷，命令關寧軍核心人物祖大壽、何克率領精銳主力，第三次建設大凌河城。
半個月後，皇太極密切關注著它的進展，終於在即將完工的時候，果斷出兵，率領十萬大軍圍城。
吸取了上次與袁崇煥交手的教訓，皇太極這次可以說是有備而來。
在吉思的變遷中，他再次領略了袁崇煥火炮的威力，對這門大威力產生了濃厚的興趣，於是特意繳獲了一門紅衣炮回去仿製，一口氣造了幾十門，並命令佟陽興帶著這支高科技戰略新兵，準備作為新的殺手鐧來使用。
皇太極學得好，正是在他的手中，後進軍才逐漸演變成一支融合中西勢力、多兵結合的強大機動兵團。
大令河之戰於崇禎四年八月正式拉開帷幕，距遵雍勝利結束僅1年零3個月。
大凌河城被圍困，錦州的明軍自然要組織救援。 在孫承宗的組織下，從8月到9月，在將軍武向、宋維的指揮下，前後組織了三支增援部隊，但因為敵人強而我弱，上千人的救援根本沒有幫助。
到9月底，孫承宗以軍長張淳為指揮，組織關寧軍約4萬大軍向大凌河市進軍。
此時，城內精銳部隊約1萬，城外關寧兵約4萬，一共5萬官寧軍和10萬後方軍展開決戰。
一開始，張淳能夠依靠騎兵營來守住騎兵的克制，但敵人的炮兵突然變得強大起來，頓時改變了戰場上的局勢。 沒有了袁崇煥在現場的監督和控制，這些人對八旗軍的恐懼再次被喚醒，一些人開始發揮死而貧的精神。 面對敵人的進攻，吳襄先是逃跑，造成全軍大潰敗，張淳在途中集結潰敗，再次紮營，與敵人決戰，但還是被打敗了，全軍又被打敗了。 在前方的追擊和伏擊兩條線下，四萬大軍幾乎全軍覆沒。
祖大壽等人已經在城中四次突圍，見沒有突破的希望，只好殺了何克剛等人，拒絕投降，選擇投降。
皇太極得到了夢寐以求的大炮和無數的火器，以及無數的寶貴天賦，實力再次大幅提公升。
這是一場區域性的中型世界末日，後果其實非常嚴重。
事實上，遼軍的軍閥化傾向就是從這裡開始的。
這場戰爭的不良影響是立竿見影的，袁崇煥建立的關寧軍被打得骨幹千鈞，約5萬精銳部隊被殲滅。 尤其是祖大壽部的一萬多騎兵和射箭功勞，被後金君臣視為唯一威脅到他的明朝軍隊。 通過形成乙個單獨的陣型來對抗他們，並將他們聚集在一起，他們絕對可以成為皇太極的堅定支持者，不僅在戰場上，而且在鎮壓八旗和蒙古部落內部的潛在反對。
這是乙個巨大的收穫！
趁著皇太極心潮澎湃，祖大壽提出返回錦州城作為內部回應，協助後金奪取錦州。 皇太極忍不住**，再加上祖大壽的親戚和屬下都在後津，所以他同意了這個主意。 祖大壽從原軍中挑選了26名親信，隨他一起返回。
結果，沒有回頭路了。
祖大壽以這26人為骨幹，自建前城。 因為祖家在遼東有威望、有地、有權、有財、有預備役，所以很快就又建起了一支戰鬥力不錯的軍隊。
但總的來說，畢竟損失是巨大的。
或許就是從這裡開始，祖大壽漸漸變成了暮色。
很多人可能會想，如果大嶺河之戰還在，會不會是一樣的結果呢？
那麼我們就要分析一下孫成宗和袁崇煥的區別。
孫成宗雖然有一定的指揮天賦，但與袁崇煥相比，他的軍事天賦畢竟不如袁崇煥。
袁崇煥年輕精力充沛，氣勢駭俗，膽大妄為，對全軍的掌控力是其他統帥無法企及的，而且他的地位也是在戰場上一次次力挽狂瀾、獎懲的過程中確立下來的，這與孫承宗的上司地位不同。
可以說，孫承宗的領導風格是傳統的文人指揮方式，他基本不上前線，而是負責規劃和後勤保障，基本採用信任、親近等方式，讓將領們充分發揮戰鬥力，戰後獎懲公平， 這算得上是合格的指揮官，傳統的指揮官。
但袁崇煥顯然不同。
他是乙個像唐朝節日使節一樣的人物。
他性格張揚、兇猛、膽大妄為，不會受制於外軍命令，毛文龍，這樣乙個掛印就殺的將軍，說著就殺，以身作則，天賦異稟，通過後勤、軍功和廣大恩惠，他本來就有了唐朝節日使者的風範。
袁崇煥的問題主要是他太突出了，他的理念、戰略、戰術、適應能力都遠超常人，如果軍事能力能打分的話，崇禎20分，內閣平均50分，孫承宗65分，袁崇煥直接97分，很多決定大部分人根本看不懂，如果有秦昭襄王這樣的君主，還能任上很長一段時間， 卻不幸遇見了崇禎。
然而，在明朝的軍事控制機制下，他的行為其實是在一再挑戰皇帝和所有文官的心理底線，無疑是在自取死。
更何況，在大嶺河之戰中，登來都督孫遠華派出了自己的援軍，導致了新一輪的叛亂，這次叛亂的後果也非常嚴重。