Westem雜交又稱蛋白質印跡，是一種將SDS-PAGE分離的蛋白質成分轉移到固定化基質中，然後用特異性抗體分析靶蛋白的存在和含量，從而檢測整合了蛋白質電泳、印跡和免疫測定的特定蛋白質的方法。
其原理是從生物細胞中提取總蛋白或靶蛋白，將蛋白樣品溶解在含有去汙劑和還原劑的溶液中，根據分子量通過SDS-PAGE電泳分離蛋白質，然後將分離出的蛋白條吸跡到固相膜（硝酸纖維素膜或尼龍膜）上，並用高濃度蛋白溶液孵育膜以密封其非特異性位點， 然後加入特異性耐藥體（一抗），膜上的靶蛋白（抗原）與一抗結合。然後加入能特異性結合的一抗的標記二抗（通常當一抗使用兔**抗體時，常用的二抗是羊抗兔免疫球蛋白抗體），最後通過與標記化合物（一般為辣根過氧化物酶根據測試結果，可以知道目標蛋白的表達、在被測生物體細胞中的表達量和分子量。
典型的蛋白質免疫印料雜交包括以下四個步驟：蛋白質提取和凝膠製備電泳。 按常規方法提取總蛋白或靶蛋白，製備用於Western blot分析的SDS-PAGE凝膠，電泳後剝離凝膠，除去凝膠，用電穿孔沖洗或平衡凝膠; 轉移。 選擇合適的膜，進行甲醇處理和蒸餾水沖洗，以及蛋白質的電轉移; 阻斷和雜交。 轉移完成後，取出膜沖洗密封，與一抗結合，洗滌，與二抗結合，洗滌; 發光或顯色鑑定。 一般採用鹼性磷酸酶AP-NBT、BICP顯色法或辣根過氧化物酶HRP-ECL發光法。
染色原理：
帶負電荷的龐索紅可以與帶正電荷的氨基酸殘基結合，而龐索也可以與蛋白質的非極性區域結合，從而產生紅色條帶。 可用於PVDF膜、硝酸纖維素膜和醋酸纖維素膜上的蛋白質檢測，但不能用於尼龍膜上蛋白質的檢測。
如何使用：
將PVDF膜、硝酸纖維素膜或醋酸纖維素膜浸入Ponceau紅染色液中，搖勻5-10分鐘或更長時間，取下印跡膜，用蒸餾水、PBS或其他適當溶液沖洗2-3次，可出現透明條帶，並記錄結果; 用蒸餾水、PBS 或其他適當的溶液沖洗 2-3 次，每次 3-5 分鐘，以去除 ponceau red，用於隨後的蛋白質印跡測試。