對於噶爾丹來說，烏蘭布通戰役後的六年一定是非常痛苦的。
烏蘭布通之戰 烏蘭布通之戰雖然打平，但清軍的戰場損失甚至比準軍還要大，但傅全權只是清軍的主力之一，在裝備上已經擊敗了噶爾丹的幾乎所有財物。 這個時候，噶爾丹可能已經意識到了國力的巨大差距。 五爾回河之戰，被噶爾丹以一萬多弱兵殲滅，對清朝來說根本不是什麼大不了的事。 而噶爾丹想要傷害清朝，迫使清朝交出喀爾喀人，這無疑是極其重要的。 
蒙古武士噶爾丹從烏蘭布通之戰中徒勞歸來，在返回途中因瘟疫損失慘重。 科布多大本營被洗劫一空，天山山脈南北兩邊的綠洲城市全部落入阿拉布坦的控制之下，封鎖了噶爾丹獲得鐵器和火器的通道。 噶爾丹無疑無力收復失地，只能勉強保護自己。 而康熙皇帝也提出了有利條件，希望招募噶爾丹部落，將他們安置在內蒙古草原上。 噶爾丹和康熙皇帝這幾年都在休養生息，他們從清朝騙了不少，從沙皇俄國那裡買了下來。 
然而，康熙皇帝一直談判到烏蘭不通之戰後的第五年，也沒有結果，康熙顯然發現自己被噶爾丹欺騙了。 好在這幾年，清朝也做好了充分的戰爭準備，兵力充沛，可以遠征漠北。 康熙帝於是制定計畫，準備派兵迎噶爾丹投降，一舉伏擊。 
1695年下半年，他再次向東派兵，進攻留在漠北的喀爾喀部落，企圖擴大自己的實力。 同時，噶爾丹聲稱自己帶來了6萬支俄羅斯獵槍，恐嚇南漠和北漠的蒙古諸侯，同時利用他作為第五代洛桑嘉措的宗教影響力，引誘蒙古草原的喇嘛向他提供情報。 由於大部分喀爾喀部落為了躲避卡爾丹軍隊而暫時南遷，所以東進其實就像是放牧的隊伍，沒有戰鬥。 噶爾丹不敢向南衝到長城附近。 
1695年底，清朝也開始軍事動員，動員了10萬大軍，分三路，向北進軍漠北。 東路軍由黑龍江將軍薩布蘇指揮的9000人組成，渡過興安山脈，出克魯倫河，包抄準噶爾軍; 由富原將軍飛陽谷指揮 46萬人組成西路軍，從貴華（呼和浩特）、寧夏渡過沙漠，沿翁津河北上，切斷噶爾丹的退路; 康熙皇帝自率34萬人組成中路軍，從獨石口（今河北赤城以北）出發，經克魯倫河上游向北，切斷噶爾丹退路，以東路軍和西路軍攻擊噶爾丹軍。 
根據昭門多戰役的示意圖，噶爾丹士兵實際上不到兩萬人。
據說，在烏蘭不通之戰中，康熙也從東北調來一支軍隊，準備從盛京出發進攻噶爾丹，但走到一半的時候，噶爾丹已經跑了回來。 這一次，東路軍統帥薩蘇是當年與夜叉作戰的將軍，趕到漠北，卻沒有派上用場。西路軍統帥費陽谷，是難得經歷過三大藩叛的老兵，此時的年輕人已經年近五十歲。 在集結行軍的過程中，飛陽谷敏銳地發現康熙制定的補給計畫存在巨大漏洞，決定改變原來的460,000 名士兵減少到 1 人40,000 名精英，其他人都被轉為供應工作。 這成了清軍打敗敵人的關鍵，而不是跑到漠北送人到他們的頭上。 
克魯倫河是蒙古高原上的一條重要河流，沒有裁兵的康熙在抵達克魯倫河谷後就陷入了糧食短缺的困境——士兵們攜帶的80天糧食已經吃光了大半，更何況繼續前進很危險， 哪怕是撤退。康熙帝征服北方噶爾丹時，曾命紹興人、副統帥吳六存調薪。 當皇營已經沒糧了好幾天的時候，他大喜過望，李公尺親王說：“父子倆有援手。 雖然《清史手稿》對康熙皇帝大肆吹噓，但真實情況是康熙皇帝派使者去見噶爾丹，並主動將自己親手征服的訊息告知康熙皇帝。 
康熙的北伐表明，康熙皇帝的軍隊缺乏食物，沒有戰鬥力，所以他只能寄希望於恐嚇戰術。 如果噶爾丹在這個時候果斷攻打清軍營，說不定就能搞出清版的土木堡革命，活捉康熙皇帝。 但噶爾丹並不是一流名將，這幾年一直受到阿拉布坦的攻擊，此時的他已經沒有理性的判斷力了。 見康熙沿途兵力眾多，不敢決戰，向西撤退。 飛陽谷和孫思可的部隊西線越過沙漠，噶爾丹已經派出一支小分隊燒毀了庫倫以南的草原和圖拉河，這是西路軍必須經過的地方，西路軍耽誤了不少行軍，無法執行既定的與康熙皇帝會合的計畫。 在噶爾丹補給路線比較困難的西路軍，此刻應該極度缺糧，失去戰鬥力，決心拿起鬆軟的柿子，一舉殲滅西路軍，發揮自己的威望，迫使清朝議和， 交出喀爾喀人，恢復其力量。
電視劇集《康熙皇帝》中的康熙皇帝。
在這裡可以看出，加爾丹雖然在戰場上待了很久，但畢竟不是一流的明星。 飛陽谷和孫思可都是經歷過三大封建叛亂的老兵，名聲大噪，不容小覷，怎麼能和阿尼、福泉這樣的受膏子相比呢？ 噶爾丹讓自以為是、打不過仗的康熙帝不對付，跑去掐這些人，實在是大錯特錯。 飛陽谷已經接到康熙帝派來的輕騎兵的召喚，正在噶爾丹西進的路線上等待，占領制高點——昭墨多。 趙墨多，地處圖拉河東岸，又稱東庫倫，北靠肯特山，南靠金槍魚嶺，西靠汗山，森林不計後果，形勢險惡，素有古戰場之稱。 有意思的是，這個地方的舊名是呼蘭突發低溫，朱棣來這裡是為了破危守守北大的瓦拉馬罕，現在，這裡是見證一場歷史性的決戰。 
噶爾丹一到，飛陽古就派滿洲正白旗的先頭統帥碩岱和蒙古正皇旗的統帥阿難率領一些輕騎兵引敵。 他們一接觸，清軍就裝作疲憊虛弱的樣子，引誘噶爾丹向西追擊。 沒過多久，噶爾丹軍就被引誘到山前，清軍匆匆散去。 見山上清軍不多，噶爾丹以為是大批散兵造成的，卻不知道飛陽谷刻意精簡，清軍已經在山上等了十天，體力已經恢復，他立村自衛。 在烏蘭布通之戰中，福泉試圖用重型鐵芯青銅炮進攻，但被噶爾丹擊敗。 這一次，清軍吸取了教訓，使用了較輕的副母炮，數量還是足夠的。
清朝副炮兵噶爾丹率領騎兵手持長矛向高原茂林深處的清軍發起衝鋒，孫思可率領青軍精銳在前方抵抗，霰彈槍和副母炮轟鳴，戰場硝煙瀰漫。 衝近一看，發現清軍的火器準備得如此充分，陣地前已經挖好了木柵欄和壕溝，準備工作極其充分，敵人兵力雖少，但也不容小覷。 直到這時，噶爾丹才隱隱約約意識到，自己似乎掉進了費揚古。 但事情已經到了這個地步，有必要咬緊牙關。 後方的攻擊削弱了蒙古騎兵的衝擊力，噶爾丹麾下的蒙古士兵雖然英勇，但由於近幾年經濟困難，裝甲很差，許多人被擊中從馬上摔下來。 噶爾丹當即做出決定，命令士兵們乙個接乙個地下馬，轉而進行徒步作戰，畢竟準噶爾部落在蒙古部落中以步兵作戰能力著稱。 不過，在康熙王朝時期，青營的戰鬥力還沒有完全腐化，在步兵方面，沒有比漢人更好的戰鬥力了。 孫思可當即一聲令下，開啟鹿角門，漢軍藤兵手持刀盾從後方衝出，而全兵則在後方提供火力，雙方激戰，從5月13日上午殺到下午，形影不離。此時，噶爾丹麾下的士兵接近兩萬人，只比清軍略有優勢，裝備也沒那麼好，是背襲，激戰絲毫沒有落後。
名將飛陽谷是順治最寵愛的妃子董鄂飛的弟弟，飛陽谷已經採用了另一位經歷過三封造叛亂的漢軍老兵尹華興的策略，率領精銳騎兵偷偷離開營地，繞道噶爾丹營地攻打他的營地。 卡爾丹的妻子，負責守衛營地的阿努克頓，與清軍激戰，被擊敗，被趕到卡爾丹總部的後方。 不過，阿努科敦也非常勇敢，甚至在進攻噶爾丹後方之前穩住了陣地，命令手下的士兵下馬與清軍決一死戰。 尹華興在回憶錄《西征志》中說：噶爾丹和嫂子阿奴娘子（也就是被噶爾丹的兇哥俘虜的嫂子）等人也冒著炮箭，犧牲馬匹戰鬥，鋒芒十分鋒利，所向披靡，傷亡相當相等，勝負不定。 從這個角度來看，噶爾丹的困獸鬥，即便是在全面劣勢的情況下，還是相當可觀的。 然而，阿努夫人“身材高大，敢於戰鬥，身穿青銅鎧甲，身著弓箭”，她的鎧甲不足以抵擋清軍的火器。 清軍發現這個女人是准軍凝聚力的關鍵，於是接連出手，阿努科屯被槍殺。 准軍後方不停地尖叫著，陷入了混亂。 尹華興趁機從孫思可側翼殺營，直接鑿穿準軍陣，來回攻擊飛陽谷。 來自山區的漢軍精銳步兵從高坡上疾馳而下，威力絲毫不遜色於鐵騎兵。 噶爾丹從前到後遭到襲擊，妻子戰死，震動了軍隊的士氣，他們再也支撐不住了，只好集結士兵逃離戰場。 戰死2000餘人，俘虜3000餘人，噶爾丹的妻子阿努科敦和重要大臣代巴圖爾在桑、博羅特和埃奇戰死，清軍也在戰鬥中損失了1000多人。 然而，由於清軍攻占準軍營，清軍俘虜了6萬多頭牲畜，大量武器、盔甲、火器、彈藥，以及許多家子弟。 這一戰之後，噶爾丹部落四散而逃，或叛逃到阿拉布丹，或叛逃到清朝，噶爾丹只聚集了五千名戰士，數萬名追隨者，在科布多草原上徘徊。 1697年，康熙派馬西卡、尹華興率領少數精銳前往科布多，繼續獵殺噶爾丹。 噶爾丹走投無路，百姓向清朝投降，他想投奔**，但又被康熙皇帝的警告狄巴桑傑嘉措拒絕，最後病重而死（勸毒自殺），噶爾丹的殘餘臣臣投清，他的兒子也被哈密人俘虜，投交給清朝。