腫瘤學研究一直是醫學和生命科學領域的重要課題之一。 隨著科學技術的不斷發展，人們對腫瘤的認識也在不斷加深。 癌症是全球主要死亡原因之一，每年造成數百萬人死亡。 儘管在過去幾十年中取得了一些重要進展，但癌症預防和預防仍面臨重大挑戰。 因此，對腫瘤發生、進展和**的研究一直備受關注。
腫瘤學研究的目標之一是深入了解腫瘤形成的分子機制。 這包括腫瘤細胞的起源、腫瘤細胞與正常細胞之間的相互作用以及腫瘤細胞對該方法的反應。 與此同時，越來越多的研究集中在個體化和靶向化上，目的是提高產品的有效性並減少不良反應。
Geomx DSP空間多組學技術將組織影象分析與原位定量技術相結合，在展示全域性組織形態結構的基礎上，進一步實現對不同位置的全轉錄組（20000個基因）和蛋白質組（570個蛋白質）在不同位置的感興趣區域（ROI）表達的原位檢測和分析，便於深入分析腫瘤發生發育中的腫瘤微環境異質性。
膽管癌
molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy
doi:10.1136/gutjnl-2023-330748.
if：
journal：gut
panel：geomx dsp + ncounter | rna (human) -immune pathways panel
總結：細胞毒性藥物是晚期肝內膽管癌 （ICCA） 患者的基石，但益處各不相同。 我們假設診斷性活檢的治療前分子譜可以**患者從化療中獲益，並確定先天性化療耐藥性的分子基礎。 我們發現了一組具有相似基線特徵的晚期ICCA患者，他們在化療過程中表現出極端異常值**。 診斷性活檢通過數字病理學進行識別，然後對大組織區域和地理空間大切片組織區域進行全轉錄組分析。 通過GEOMX對腫瘤浸潤性髓系細胞進行空間轉錄組學研究。 在這裡，我們評估了多組切除癌症的轉錄組學特徵，以及使用體外細胞系、體內小鼠模型和單細胞 RNA 序列資料對特徵的分析。 結果表明，RPLS特徵可能是ICCA化療結果的新指標。 為了在這些情況下制定精準化療策略，有必要進一步開發和驗證這種轉錄組學特徵。
在奈米串geomx數字分析儀上分析了12例膽管癌活檢。
肺癌
upregulation of indoleamine 2,3-dioxygenase 1 in tumor cells and tertiary lymphoid structures is a hallmark of inflamed non-small cell lung cancer
doi:10.1158/1078-0432.ccr-23-1928.
if：
panel：geomx dsp + ngs | wta (human)
總結：色氨酸裂解酶吲哚胺 2,3-雙加氧酶 1 （IDO1） 在多種腫瘤型別中過表達，包括非小細胞肺癌 （NSCLC），並且已被證明通過增加色氨酸降解和產生幾種統稱為犬尿氨酸的免疫抑制代謝物來促進腫瘤免疫逃避和抑制 T 細胞活化。 然而，目前尚不清楚腫瘤細胞對 IDO1 的表達在 PD-1 PD-L1 阻斷的情況下是否有害。 我們分析了參加兩項大型隨機臨床試驗的患者的 891 例 NSCLC 腫瘤樣本的轉錄組，以研究阿替利珠單抗（一種靶向 PD-L1 的人源化 IgG1 單轉殖抗體）與多西他賽在晚期 NSCLC 患者中的安全性和活性。 我們通過使用多重免疫螢光技術在蛋白質水平上補充了這些轉錄組學結果，並通過體外實驗在功能水平上補充了這些轉錄組學結果。 研究發現，NSCLC中的IDO1通路是由免疫系統而不是腫瘤細胞驅動的。 IDO1 與抗 PD-1 PD-L1 的組合可能僅對炎症性腫瘤患者有益，尤其是 TLS 患者。
使用 NanoString Geomx 平台上的全轉錄**面板分析了 6 名患者的腫瘤切片。
食道癌
multi‐omics analyses reveal spatial heterogeneity in primary and metastatic oesophageal squamous cell carcinoma
doi:10.1002/ctm2.1493.
if：
panel：geomx dsp + ncounter | protein (human) -human immune cell profiling panel
總結：原發性食管鱗狀細胞癌 （ESCC） 活檢可指導診斷和**。 然而，腫瘤內空間異質性會影響從活檢中獲得的資訊和反應。 在這裡，我們旨在闡明 ESCC 和匹配淋巴結轉移 （LNMET） 的空間瘤內異質性。 本文採用全外顯子組測序、全轉錄組測序和DSP評估區域性晚期可切除ESCC患者原發腫瘤的淺表（PTSUP）、深部（PTDEEP）和LNMETS亞區。 為了驗證結果，還進行了免疫組化和單細胞轉錄組資料集分析。 本研究全面表徵了ESCC的空間異質性，突出了基於多組學資料的無偏分子分類的臨床意義及其對提高ESCC理解和管理的潛力。
對 21 名患者切除時收集的標本（PTSUP、PTDEEP 和匹配的 LNMET）進行 DSP 分析。 選擇的檢測組合是一組人類免疫細胞圖譜，包括免疫檢查點、標記不同免疫細胞型別（T 細胞、B 細胞、巨噬細胞、DC 和 NK 細胞）的蛋白質以及其他免疫調節蛋白。
腦癌
glioblastoma pseudoprogression and true progression reveal spatially variable transcriptional differences
doi:10.1186/s40478-023-01587-w
if:
panel：geomx dsp + ngs; ncounter | wta (human); ncounter - pan-cancer 360 panel
總結：在膠質母細胞瘤患者的隨訪期間，切除後的影像學監測以確定新發或進行性增強的區域至關重要。 然而，與**相關的假性進展具有相似的影像學特徵，但需要不同的臨床進展。 儘管病理診斷是鑑別真性進展和假性進展的金標準，但這是由於缺乏客觀的臨床標準和混雜的組織學表現。 我們證明，使用膠質母細胞瘤樣本RNAseq文庫的患者，癌症免疫細胞活性水平與異質性臨床結果相關。 此外，對第二次神經外科手術切除的48份臨床樣本進行RNA表達分析，結果顯示，假進展基因表達途徑以免疫啟用為主，而進展以細胞週期活性為主。 空間衍生資料進一步突出了髓系細胞群的極化，這可能強調了新病變的腫瘤起源性質。 這些發現不僅有助於進一步闡明病理學家的潛在靶點，更好地幫助晚期和偽進展期的分層，而且突出了促進腫瘤的腫瘤免疫微環境變化的演變**。
該研究使用螢光染色進行感興趣區域 （ROIS） 選擇，並涵蓋了 H&E、CD163、OLIG2、Ki67 和 P53 的數字病理學 IHC，根據以下組織學定義選擇感興趣的區域：正常組織學 [H&E 時正常神經元組織學的優勢]，CD163 的正常監測小膠質細胞正常，OLIG2 的軸突後少突膠質細胞生長正常];超細胞組織學 [主要是異常細胞結構，有 OLIG2、Ki67 和 p53 主動增殖的證據]; 炎症的組織學[主要是CD163導致巨噬細胞小膠質細胞浸潤增加]。
胰腺癌
molecular analysis of xpo1 inhibitor and gemcitabine–nab‐paclitaxel combination in kpc pancreatic cancer mouse model
doi:10.1002/ctm2.1513
if：
journal：clin transl med.
panel：geomx dsp + ngs | wta (mouse); protein (mouse) -pan‐tumour panel
概括： 大多數胰腺導管腺癌 （PDAC） 患者在接受吉西他濱和奈米顆粒白蛋白結合型紫杉醇 （GEMPAC） ** 治療時會出現疾病進展，因此這種疾病需要更有效的**策略。 此前，我們已經證明XPO1是胰腺癌的強效**靶點，而選擇性核輸出抑制劑塞利尼索可以協同增強GEMPAC在胰腺癌中的療效，在I期研究中具有良好的活性。 在這裡，我們利用 DSP 和 monoRNA 測序來研究 SEL-GEMPAC 組合與 LSL-KRASG12D+ 的配對; lsl-trp53r172h/+;PDX1-Cre （KPC） 小鼠模型的影響。 結果表明，在KPC小鼠模型中，SEL-GEMPAC**干擾了支援PDAC的訊號網路。
對照組和治療的LSL-KRASG12D+; lsl-trp53r172h/+;對PDX1-Cre（KPC）小鼠腫瘤進行DSP分析。
相關文章官方公告 |樂貝石攜手奈米串，共同打造空間多組學研究聯合合作實驗室。