當員工不按照正常程式離開公司時，工資的計算和支付就變得相對複雜。 這不僅涉及公司的利益，也涉及員工的權益。 在這種情況下，工資的計算和支付將在下文中詳細解釋。
首先，我們需要明確的是，僅僅因為員工直接離開公司並不意味著公司可以隨意扣除他們的工資。 根據《中華人民共和國勞動合同法》，用人單位應當按照勞動合同和國家法規的規定，足額、及時地支付勞動者的工資。 即使員工離開公司，只要按照勞動合同約定完成工作，他或她就有權獲得相應的工資。
然而，在實踐中，企業可能會因員工直接辭職而面臨一些困難和挑戰，而無需辦理辭職手續。 例如，無法準確核算員工的出勤天數、加班時間、績效等，可能導致工資計算不準確。 另外如果員工在離職前有違約行為或給公司造成損失，公司可能還想通過扣除工資來彌補損失。
在這種情況下，公司應首先與員工取得聯絡，了解員工離職的原因和願望，並嘗試與員工達成協議。 如果員工同意通過終止程式與公司合作並提供必要的出勤和績效資料，公司可以根據這些資料計算和支付工資。 如果員工不同意合作，公司可以通過法律途徑獲取相關資料，如查詢員工的考勤記錄、與同事或上級核實考勤情況等。
公司在計算工資時，應遵守勞動合同和國家法規的規定。 具體來說，工資的計算應包括以下幾個方面：
1.基本工資：員工的基本工資按勞動合同的規定支付。
2.加班費：加班費是根據員工的加班時間和加班費標準計算的。
3.績效獎金：根據員工的表現和公司的績效考核制度發放績效獎金。
4.其他福利：其他福利根據勞動合同規定和公司福利制度支付，如社保、公積金、年終獎等。
需要注意的是，員工在離職前有違法行為或給公司造成損失的，公司有權在法律範圍內扣除工資。 但工資的扣除應當符合法律規定和勞動合同的規定，不得任意扣除或者超過法定限度。
如果公司在計算工資時遇到困難或爭議，可以通過以下途徑解決：
1.與員工談判：首先嘗試與員工友好協商，解決工資計算問題。
2.檢查相關證據：檢查勞動合同、考勤記錄、績效考核等相關證據，確保工資計算的準確性。
3.尋求法律援助：如果您無法與員工達成協議或發生法律糾紛，您可以尋求法律援助或諮詢律師。
4.向勞動監察部門投訴：如果公司認為員工辭職涉嫌違法或給公司造成重大損失，可以向當地勞動監察部門投訴。
總之，僅僅因為員工離開公司並不意味著公司可以隨意扣除他或她的工資。 公司應當按照法律規定和勞動合同的規定，足額、及時地支付員工工資。 同時，公司也應積極與員工溝通協商，解決工資計算問題，維護雙方合法權益。