市面上銷售的果醋飲料與發酵飲料不同，這類飲料雖然也是用水果香精的主要原料輕微生物發酵而成的，但也有大量的色素、香精、果汁、甜味劑等，而且它們的醋酸含量較低，營養成分也不大。
發酵飲料不僅打破了需要新增劑消費的傳統，而且基本實現了零新增;也從傳統的果醋轉變為發酵飲料，更容易吸收，更有營養; 並突破果醋只能吃不普及的天花板現象，進入大眾日常飲用，既能呵護胃部，促進消化，補充營養，又從偶爾飲用轉變為日常飲用。
在發酵過程中，由於微生物的生化作用，可以大大提高原料的有效營養成分。 例如，玉公尺、小麥、大豆等乳酸發酵後，賴氨酸含量增加%; 蛋氨酸含量增加%; 3種原料中的游離氨基酸增加了16 次，14 次，13次; 游離鈣增加15 次，12次，2次; 游離鐵增加 13 次，09 次，12次。 可以看出，微生物作用製備的發酵飲料的營養成分大大增加，營養價值也大大提高。
發酵飲料具有很強的乳糖酶特異性，可將乳清蛋白轉化為葡萄糖，從而預防腹瀉等消化道疾病，並使胃腸中的一切都正常工作。 而且發酵後的果汁中含有大量的碳水化合物、膳食纖維，以及一定量的益生菌，這三種物質進入人體可以很好的調節腸道微生態，特別是對有益菌的增殖有積極作用。
這是因為發酵飲料可以粘附在腸粘膜上並進行移植。 因此，它可以減少膽固醇在胃和腸中的消化和吸收，發酵飲料可以將消化吸收的膽固醇排洩成膽鹽。
對於大便乾燥和便秘的人來說，適當飲用發酵果汁可以起到促進腸道蠕動和預防便秘的作用。 對於一些食慾不振、消化不良、腹痛、腹脹等胃腸功能較弱的人，可以採用發酵果汁進行發酵，對健脾、開胃促消化有很好的效果。
《自然評論心臟病學》的一篇文章，題為“發酵食品和飲料的心血管益處：仍有待爭論”，指出發酵食品可能對心血管健康產生積極影響。 其中乙個重要原因是發酵過程中的微生物可以產生有益的生物活性物質，如益生菌、維生素、抗氧化劑和短鏈脂肪酸。 這些物質在心血管健康中起著重要作用，有助於降低膽固醇、調節血壓、減少炎症，甚至改善血糖代謝。
在產品方面，除了最常見的蘋果醋外，市場上的果醋飲料種類也越來越多。 五色風味“神農獼猴桃飲”是以神農架的高山獼猴桃為原料，經雙輪發酵而成，具有養胃益腸、促進消化、補充維生素C的作用。