靶蛋白的定量MRM分析是指基於質譜的多反應監測（MRM）。 該技術本質上是一種質譜掃瞄模式，基於目標蛋白的特定母離子和子離子對，選擇性地採集符合目標離子規則的訊號，去除不符合規則的訊號干擾，進行高靈敏度、準確、特異性的靶向蛋白質定量。 MRM質譜分析主要包括三個階段：（1）初級質譜掃瞄，篩選出與目標分子特異性一致的母離子;（2）母離子碰撞碎裂，去除干擾離子;（3） 僅從選定的特定離子中獲取質譜訊號。 母離子通道可以根據理論**或實際實驗結果進行選擇。
平行反應監測 （PRM） 是 MRM 的衍生物，也可用於同時或絕對定量複雜生物樣品中的多種目標蛋白質。 PRM採集目標肽的高解像度MS2質譜圖，利用軟體提取ppm級目標離子的峰面積，有效排除其他離子的干擾。 與MRM相比，具有更寬的動態範圍、更高的精度、更強的靈敏度、更好的重複性、更強的抗背景干擾能力、更簡單的實際操作和更低的成本。 PRM不需要基於目標蛋白的母離子和子離子配對，從而能夠對子離子進行全面掃瞄。 PRM 可用作蛋白質印跡技術的替代方案，以高通量驗證大量生物樣品中的抗體，並可應用於各種非模式生物。
PRM由五個主要實驗程式組成：（1）從鳥槍實驗或理論推測中選擇目標肽（2）製備樣品混合物;（3）引數和靶肽的實驗前調整;（4）PRM檢測;（5）資料分析。 PRM方法的缺點是，當待分析的肽數過多時，需要對質譜採集引數進行微調，否則會大大影響定量資料的準確性和精密度。
圖PRM實驗流程圖。
客戶**訂單-訂單 實驗材料確認 - 蛋白水解 - DDA模式庫構建 - 通用庫優化 - 資料收集 - 資料分析 - 交付結果。
我們的優勢
1.與其他型別的樣品相比，植物樣品很容易獲得。
2.從樣品製備、機載測試、實驗報告到專業的售後服務，我們提供一站式蛋白質組學服務。
3.使用先進的質譜儀提供高靈敏度、高通量的分析，以確保高質量的資料。
4.可以對客戶感興趣的蛋白質進行靶向驗證實驗。
適用場景
1、大規模蛋白質組檢測後靶蛋白的驗證;
2、同源蛋白或突變蛋白的定量研究;
3、無標記等非靶向蛋白質組研究成果的驗證;
4、同時對多種蛋白質肽進行絕對定量研究
5.研究同源性高但缺乏特異性識別抗體的蛋白家族的變化
6. 蛋白質翻譯後修飾的定量研究;
7、生物病害靶點的絕對定量研究;
8.開發臨床診斷試劑盒。
實驗週期
自樣品交付之日起 30 個工作日。
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實驗資訊
在實驗過程中，客戶可以隨時登入管理系統，檢視專案的實時進度。 實驗完成後，系統會自動通過簡訊通知客戶，並傳送實驗報告檢視**。 實驗完成後，實驗報告和測試結果可以檢視或列印，並永久保留。
實驗性可交付成果
1、分析報告：包括實驗過程、儀器型號、引數、試劑耗材、定量結果統計等
2、定量結果檔案：一般excel**;
3.質譜原始檔案：PRM收集的優化光譜庫和WIFF格式的原始資料。
乙個經典案例
發表期刊： Bioresource Technology
影響因子： 114
出版年份：202009
1. 背景。
蝦青素是一種葉黃素類胡蘿蔔素，呈紅色，已應用於食品、化妝品等多個行業，應用前景廣闊。 天然蝦青素的先進途徑之一是紅斑紅褐藻，當外界條件不利時，蝦青素的產生會增加，但現有資料不能完全解釋紅麴合成蝦青素的脅迫響應機制。 先前的實驗結果表明，500 mg ml TiO2可以顯著增加蝦青素等類胡蘿蔔素的產生。 基於這些結果，本研究分析了TiO2對蝦青素產生的影響，以及脅迫條件促進紅酵母合成蝦青素的分子機制。
2.實驗方法。
作者以野生型紅法夫酵母PR106為研究物件，在Yepd培養基中培養有或不有500 mg ml TiO2的酵母細胞至中期，以500 mg ml TiO2培養的菌株C1、C2、C3為對照組，不用500 mg ml TiO2培養的菌株S1、S2、S3為實驗組， 提取總蛋白，用TMT化學試劑標記，等待質譜檢測。結合質譜資料，選取紅酵母菌中期15個差異表達蛋白，採用PRM靶向定量蛋白質組學進行質譜分析。
3.實驗結果。
本研究共定量了3193個紅葉芨差異表達蛋白，其中5個蛋白表達量上調，56個蛋白表達量下調。上調的蛋白主要定位於質膜、細胞核或細胞外，下調的蛋白主要定位於細胞核、線粒體、質膜、細胞質和細胞外。 GO和KEGG富集分析結果顯示，差異表達蛋白主要與非膜結合劑和膜的整體組成有關，主要富集在RNA降解途徑中，且幾乎全部下調。 經PRM靶向蛋白質組學驗證的15種差異表達蛋白結果顯示，500 mg mL TiO2可顯著促進酵母中期蝦青素的合成。
圖1 差異表達蛋白的火山圖。
圖2 TiO2脅迫下基於GO和GGG的紅麴差異表達蛋白功能富集分析。