企業轉讓個人所得稅的自然人股東在網上轉讓個人所得稅時，可以選擇通過自然人電子稅務局進行網上申報。
線上申報流程為：”自然人的轉讓人應當首先提交股權轉讓的有關資料，受讓方（單位或個人）應當確認轉讓方經主管稅務機關受理、審查後提交申報”。。下面就來看看具體的線上操作流程吧！
1. 轉讓方提交申請
1）進入自然人電子稅務局**（網頁端）（點選進入自然人稅務管理系統，轉讓人親自登入自然人電子稅務局後，點選導航選單“我要辦稅”、“納稅申報”、“分類所得申報”、“個人股權轉讓所得（試點）”;
2）進入“資料提交”頁面，選擇“股權轉讓資料提交”，點選【確定】。
3）系統彈出“辦理股權轉讓須知”彈框，可檢視“辦理須知”和“必填資訊”，閱讀後勾選“我已閱讀並知悉”，點選【進入填倉】進入填料流程
4）在“輸入基本資訊”頁面，點選“被投資企業統一社會信用**”輸入框，新增“被投資企業”，選擇“納稅週期”（預設為上個月當前系統時間，需根據實際股權轉讓時間選擇），選擇“股權轉讓情況”，確認以上資訊後點選【下一步】
5）進入“輸入股權轉讓資訊”頁面，在“被投資企業資訊”、“股權轉讓人資訊”、“股權轉讓方資訊”等相應欄目後面的操作欄目點選“填寫”，填寫相應資訊並上傳附件材料;
預防 措施：
1、標有紅色星號的轉讓合同編號、股權變更時間等均為必填項。
2、受讓人為自然人的，需在個人所得稅APP或自然人電子稅務局網站進行登記。
3、附件資料上傳檔案格式支援PDF、PNG、JPG、JPEG、BMP，最多可上傳10個檔案，檔案資料大小不能超過20M。
4、在填寫被投資企業資訊時，“被投資企業註冊資本”系統會自動調出，如與納稅人填寫不一致，請聯絡被投資企業財務人員到主管稅務機關核實變更。 轉讓時的“賬面淨資產”、“實收資本”、“資本公積”、“盈餘公積”、“未分配利潤”等字段，應聯絡財務人員填寫，獲取簽訂股權轉讓合同時企業以往財務報表的相關資料。 “轉讓時具有特定資產的企業淨資產的公允價值”是指具有法定資質的中介機構出具的資產評估報告確定的淨資產，如果被投資企業的資產，如土地使用權、房屋、未售出房地產、智財權、 被投資企業的探礦權、採礦權、股權等資產佔企業總資產的20%以上。
5、填寫股權轉讓方資訊時，“股權轉讓股份”是指與轉讓的註冊資本相對應的股份，單位為股份。 例如，本次轉讓時，被投資企業註冊資本為100萬元，轉讓方持有50萬元，轉讓為20萬元，則“股權轉讓股份”為20萬股。 “轉讓股權佔企業總股本的比例”是指單筆轉讓股權（或股權）佔企業股權總額的比例，公式為：企業股權轉讓中的股權總額。 例如，本次轉讓時，被投資企業註冊資本為100萬元，轉讓方持有50萬元，轉讓為20萬元，轉讓股權佔企業總股權的比例為20%。 股權轉讓合同（協議）**是指股權轉讓合同（協議）中列明的股權轉讓**，而不是轉讓的出資額。 股權的原始價值一般是指按照實際支付的價格，與取得股權直接相關的合理稅費之和。 如果企業股東沒有到位支付，此時沒有資本公積，一般情況下，實際支付的價款為實收資本金。
6、股權轉讓合同為必填項，合同應載明轉讓時間、交易、股權數量、股權性質等資訊，其他證明材料可上傳至財務報表、損益表等相關財務資料。
6）進入“輸入收入及扣除資訊”頁面，如有允許扣除的個人捐贈支出，點選【填寫捐贈專案】進行填寫;如果沒有，您可以單擊“下一步”
7）進入計稅頁面，可以檢視計稅明細和繳稅資訊，確認無誤後點選【提交資訊】
系統彈出“您的股權轉讓資訊將轉給受讓方確認後由稅務機關受理，請確保您填寫的資訊真實有效，是否確定提交？確認提交提示彈框，單擊確定
8）股權轉讓資訊應提交受讓方進行資訊確認。
預防 措施：
納稅人可以撤回申請，直到稅務機關完成最終審查。 撤銷後，狀態變為撤銷，受讓方和稅務機關均無需處理。
2. 受讓人核對確認
轉讓方提交股權轉讓資訊後，受讓方需要確認資訊，如果資訊無誤，受讓方確認提交，股權轉讓申請將轉交被投資企業主管稅務機關受理審核。 如果確認資訊不正確，申請將被退回給轉讓方，轉讓方可以修改資訊並重新提交。
1）受讓人為自然人。
受讓方可在手機“個人所得稅APP”接收提醒，或在電腦上登入“自然人電子稅務局（網頁）”確認股權轉讓資訊。
以“個人所得稅APP”資訊確認為例，操作如下：
1.登入“個人所得稅APP”後，首頁右上角的訊息圖示會有訊息提示，或者後台執行個人所得稅APP時會直接彈出通知
2.在股權轉讓資訊確認訊息中點選【檢視詳情】，進入詳情頁;
3.在詳情中點選【檢視股權轉讓詳情】，如果當前轉讓方已撤銷提交資訊，會提示：“轉讓方已撤銷股權轉讓資料提交，無需確認”，否則點選進入股權轉讓資訊詳情頁;
4.如果驗證正確，請在驗證結果中選擇“正確資訊”，然後單擊 [提交] [確認] 完成確認。 股權轉讓資訊應當報被投資企業主管稅務機關審核。
2）受讓方為企業。
受讓方需登入“自然人電子稅務局（扣繳終端）”或“自然人電子稅務局（網頁）”的扣繳功能，確認股權轉讓資訊。
例如，執行以下步驟來確認扣款側的資訊：
登入扣繳終端後，點選右上角【訊息中心】，點選股權轉讓個人所得稅資訊確認
核對股權轉讓資訊，核對無誤，選擇核銷情況為“資訊無誤”，點選【提交】【確認】，將股權轉讓資訊報投企業主管稅務機關審核。
3、轉讓方申報並付款。
經被投資企業主管稅務機關批准後，自然人的轉讓人應登入“自然人電子稅務局（網站）”提交申報表，完成申報。 股權轉讓材料不被接受的，經核實相關資訊後可重新提交。
登入“自然人電子稅務局（網頁端）”後，點選導航選單“我要查詢”和“查詢個人股權轉讓資料提交記錄”。
進入查詢頁面後，點選“已完成”，點選股權轉讓資訊記錄後面的【發起申報】進行申報，如有應納稅額，申報完成後可直接繳納。
在“完稅記錄”標籤頁，如果使用者已經完成完稅，則支援點選“轉賬完稅證明”出具，與其他申報功能一樣，完稅證明預設為PDF檔案，支援**到本地。