新佑政變後，慈禧和恭親王奪取了最高權力，原來的八位大臣無一倖免，等待他們的只有最後的政治審判。
其中，被視為“罪魁禍首”的載元、端華、蘇順，已經注定要接受南山鐵案的嚴懲，無法改變。 三人雖然被判處死刑，但慈禧此時表現出了勝利者的寬巨集大量，對他們的死很寬容。
宰元和端華雖然邪極，但都是皇室親戚，按照清朝“論親貴”的祖傳制度，對他們的懲罰是可以減輕的。 為了保護愛心覺羅的尊嚴，皇帝特意下令他們自殺。
至於犯了更嚴重罪行的蘇順，慈禧雖然知道自己應該被凌遲處死，但因為他也是族中的遠支，她還是下令改為斬首決定，並派芮仁壽太子和刑部侍從宰玲監督處決。
至於宰元、端華、肅順三位大臣的處分，慈禧認為必須處死他們，因為他們的罪行極其滔天，心腹眾多，一旦縱容，就有可能捲土重來，就算這種危險只有百分之一，也是不能接受的。
至於剩下的五位大臣，清廷決定解除他們的職務，結束他們的政治生命。 景壽因為是道光帝的額頭而得到了特別的寬大處理，被免職後仍保留了公爵的爵位和額頭。
其他四位軍相穆宷、匡元、杜漢、焦有英，按照他們的罪行，杜漢犯下的罪行最為嚴重。 當兩宮太后召見恭親王時，杜漢直接出面阻攔，兩宮太后爭辯時，他最為突出。
杜寒的出身非常顯赫，他的父親是咸豐帝的師傅杜壽天。 慈禧和恭親王之所以對他淡漠，主要是因為恭親王有顧慮。
易認為，杜守天在咸豐奪取皇位的過程中發揮了重要作用，這已經是公開的秘密了。 如果杜漢的罪行在四位軍事部長中特別突出，人們可能會懷疑他是在宣布個人恩怨。
人是可怕的，必須提防，所以他主張對杜漢多一些寬容。 可是，四位軍部長卻不能一視同仁，如果杜寒被原諒，就得找別人來承擔責任，可惜慕寅成了替罪羊。
清廷派慕寅參軍贖罪，理由是他“在軍臣上走的時間最長，地位最高，情節特別嚴重”。 匡元、杜晗、焦有英只是被免職，沒有被指派。
在清廷的領導下，對與蜀順關係密切的19名**和宦官進行了不同程度的處理，包括部的高階官員陳復恩和部的右侍黃宗漢。
陳福恩的家產被沒收，送往新疆服侍，還被要求歸還道光皇帝給他的“老實好臣”牌匾; 黃宗漢被免職，從未辭職，並被要求歸還他從咸豐帝那裡得到的“忠、勤、正”的牌匾。
在這場影響深遠的宮廷政變中，雖然只有3人被處決，24人被懲罰，但這已經是最小的打擊了。 值得一提的是，兩宮太后和恭親王下令，將肅順府沒收的往來賬和信件全部送上軍機，當眾焚燒。
這種做法，讓原來和蘇順打過交道的**不再讓大家都處於危險之中，可見兩宮太后和恭親王都有一定的政治家風範，至少懂得如何贏得人心。
顧明八大臣之一的蘇順，下場最慘。 自清朝成立以來，他可能是愛心覺羅氏族中唯一乙個被押送刑場並公開斬首的成員。
面對死亡，他表現出真正的男子氣概，視死亡為家，不肯下跪，說出不敬的話。 據說，行刑前，他堅持跪下，導致雙腿骨頭斷裂，劊子手還在嘴裡攪動，最後死在血肉模糊中。